Valtioneuvoston 20.8.1998 tekemällä päätöksellä muun ohella kohde FI100017, Vattajanniemi, oli sisällytetty siihen luetteloon, joka oli päätetty lähettää Euroopan yhteisön komissiolle Suomen ehdotuksena luontodirektiivin (92/43/ETY) mukaisiksi yhteisön tärkeinä pitämiksi alueiksi eli SCI (Sites of Community Importance) -alueiksi. Kysymyksessä oleva kohde muodostui Vattajanniemen (Vattaja) pohjoisosan seitsemästä erillisestä osa-alueesta sekä Vattajanniemen eteläpuolella olevasta yhtenäisestä ranta- ja vesialueesta. Korkeimmalle hallinto-oikeudelle tekemässään valituksessa Suomen luonnonsuojeluliitto ry vaati kohteen laajentamista siten, että kohteeseen sisällytetään kaikki Vattajanniemen dyynialueet.

Valtioneuvoston päätöksen asiakirja-aineistoon kuuluvassa tietokannassa kohteen sisällyttämistä Natura 2000 -verkostoehdotukseen oli perusteltu muun muassa sillä, että Vattajanniemellä esiintyy erittäin edustavia dyynejä. Asiassa saadun selvityksen mukaan dyynit ovat yleisesti ottaen Suomessa harvinaisia. Suomessa esiintyy kuitenkin seitsemän erilaista luontodirektiivin liitteessä I tarkoitettua dyynialueiden luontotyyppiä. Tietokannan merkintöjen mukaan kohde edusti näistä dyynialueiden luontotyypeistä kahta luontotyyppiä eli luontotyyppejä liikkuvat alkiovaiheen dyynit (2110) ja atlanttisen, kontinentaalisen ja boreaalisen alueen metsäiset dyynit (2180). Näiden kohteen alueella esiintyvien dyyniluontotyyppien pinta-alaksi oli ilmoitettu yhteensä 60 hehtaaria. Tämä pinta-ala muodostui eri puolilla kohdetta oleviin osa-alueisiin sisältyvistä alueista. Ympäristöministeriön lausunnon mukaan kohteeseen oli sisällytetty edellä mainittujen dyyniluontotyyppien 2110 ja 2180 edustavat osat Vattajanniemellä.

Vattajanniemen alueen luontoarvoista oli tietokannassa olevien merkintöjen ohella saatavissa kirjallista selvitystä Vattajan harjoitusaluetta koskevasta luontoinventoinnista vuodelta 1989. Kohteen luontoarvoja arvioidessaan korkein hallinto-oikeus otti edellä mainitun selvityksen lisäksi huomioon myös sen, mitä ympäristöministeriön julkaisemassa valtakunnallisen rantojensuojeluohjelman alueita koskevassa selvityksessä (97/1991) on Vattajanniemen alueen osalta lausuttu. Lisäksi korkein hallinto-oikeus suoritti paikalla katselmuksen luontoarvojen selvittämiseksi.

Edellä mainitussa puolustusvoimien Vattajan harjoitusaluetta koskevassa luontoinventoinnissa todetaan, että Lohtajan rannikolla, puolustusvoimien alueella, sijaitsevat Suomen laajimmat lentohiekkamuodostumat. Luontoinventoinnissa viitatun Suomen Akatemian harjututkimuksen mukaan kysymyksessä on eräs Perämeren rannikon ehdottomasti arvokkaimmista ja komeimmista hietikon ja dyynikentän yhdistelmistä. Luontoinventoinnin mukaan Vattajanniemen alueella on runsaasti lentohiekkamuodostumia. Eri-ikäisten dyynien eli lentohiekkakinosten lisäksi esiintyy lentohiekkakenttiä. Aallokon kuljettama ja lajittelema hiekka kasautuu rannalle ja kuivuttuaan lähtee liikkeelle kasautuen rantavyöhykkeen taakse alkiodyyneiksi, jotka sijaitsevat rantaviivan suuntaisissa jonoissa. Näistä hiekka siirtyy kauemmaksi maalle yhtenäiseksi valliksi, esidyyniksi. Tästä materiaali kulkeutuu tuulen mukana varsinaiseen rantadyyniin, joka lähtee vaeltamaan. Rantadyynit peittyvät yleensä nopeasti kasvillisuuteen ja pysähtyvät eli fossiloituvat.

Luontoinventoinnissa todetaan edelleen, että alueella on rannansuuntaisia rantavalleja ja hiekkadyyniharjanteita. Karuilla hietikoilla kasvillisuus on varpumaista ja laikuttaista, rantavallien suojasivuilla on runsaampaa kasvillisuutta. Kehittyvien rantavallien muodot ovat rantavehnäkasvustojen sitomia. Lentohietikon karut mäntymetsät alkavat yksittäisinä puina laajimmilla deflaatiohietikoilla. Paikoitellen metsänraja on jopa kilometrin päässä rantaviivasta. Muutamin paikoin työntyvät mäntymetsät suojaavan rantavallin takana lähelle merenrantaa. Rannansuuntaiset hiekkadyynit ovat useina eri kehitysasteessa olevina vyöhykkeinä. Vain rantaa lähinnä olevassa muodostumassa alkio- ja esidyynit ovat vielä liikkeessä. Sisämaan pysähtyneiden ja kasvillisuuden dyynien reunoilla on vielä monin paikoin avohietikoita, joilta kasvillisuus puuttuu.

Rantojensuojeluohjelman alueita koskevassa edellä mainitussa selvityksessä todetaan, että Vattajanniemen laaja hiekkaranta-alue kuuluu Pohjanlahden laajimpiin yhtenäisiin lentohiekka-alueisiin. Selvityksen mukaan kysymyksessä on geomorfologisesti, kasvistollisesti, eläimistöllisesti ja maisemallisesti erittäin arvokas aluekokonaisuus. Alueella on rannasta sisämaahan edustava sarja dyynikehityksen eri vaiheita. Korkeimmat dyynit ovat yli 15 metriä korkeita. Nopea maankohoaminen paljastaa uutta maata ja rantavyöhyke on jatkuvassa muutostilassa. Pääosa länsirannan maarannasta on lähes paljasta hietikkoa, jonka rantavoimat pitävät kasvittomana. Ainoastaaan tyypilliset hiekkarannoille sopeutuneet kasvilajit menestyvät rantaviivan läheisyydessä. Hietikkoa reunustavat rantaniityt, jotka ovat parhaimmillaan 200-300 metrin levyisiä. Rantaniittyjä reunustavat yleensä kapeahkot lehtomaiset leppävyöhykkeet, jotka saattavat paikoin laajentua jopa satojen metrien levyisiksi. Sisämaassa dyynejä peittää jäkälä- ja kanervatyypin mäntykangas.

Korkeimman hallinto-oikeuden katselmuksen aikana Vattajanniemen alueen luonto-olosuhteista tekemät havainnot olivat pääosin edellä mainittujen kirjallisten selvitysten mukaisia.

Vattajanniemen pohjoisosa kuuluu puolustusvoimien Lohtajan harjoitus- ja ampuma-alueeseen. Länsi-Suomen ympäristökeskus oli erään valittajan muistutukseen antamassaan vastineessa lausunut, että Vattajanniemen alueeseen kuuluva puolustusvoimien hallinnassa oleva hietikkoalue on yksi Pohjois-Euroopan merkittävimmistä dyynimuodostumista. Alustavassa ehdotuksessa oli vastineen mukaan mukana koko Vattajanniemen alue rantojensuojeluohjelmaan ja harjujensuojeluohjelmaan kuuluvilta osin. Vastineessa todettiin edelleen, että aluetta supistettiin, koska puolustusvoimat eivät hyväksyneet ehdotusta.

Vastineessaan erääseen toiseen muistutukseen, jossa oli vaadittu puolustusvoimien hallinnassa olevan alueen ehdotettua laajempaa suojelua, ympäristökeskus oli todennut, että Vattajan alueen Natura-alueen rajaus on ollut puolustusministeriön ja ympäristöministeriön välisten neuvottelujen tulos, jossa rajaukseen vaikuttivat luontoarvojen lisäksi myös maanpuolustukselliset seikat.

Valtioneuvoston valituksenalaisessa päätöksessä (s. 17) todetaan sotilaallisen maanpuolustuksen osalta muun ohella, että Natura 2000 -verkostoon sisältyy useita puolustusvoimien hallinnassa olevia kohteita. Päätöksen mukaan puolustusvoimien toiminnan vaikutukset on otettu huomioon valittaessa alueita Natura 2000 -verkostoon. Puolustusvoimat voivat käyttää näitä alueita puolustusvalmiuden ylläpitämiseksi tarpeellisiin toimiin.

Korkein hallinto-oikeus katsoi asiassa selvitetyksi, että kysymyksessä olevaan kohteeseen oli jo sisällytetty osia Vattajanniemen dyynialueista. Nämä osat sisälsivät eräitä puolustusvoimien Vattajan harjoitusalueen luontoinventoinnissa (1989) arvokkaimmiksi katsottuja alueita. Valtioneuvoston päätöksen asiakirja-aineistoon sisältyvän tietokannan merkintöjen mukaan kohteeseen oli kuitenkin sisällytetty ainoastaan kahta dyyniluontotyyppiä edustavaa aluetta. Kohteeseen oli Vattajanniemen alueen pohjoisessa osassa sisällytetty seitsemän pienehköä, toisistaan erillistä osa-aluetta laaja-alaisemman dyynimuodostumien eri kehitysvaiheita edustavan ekologisen kokonaisuuden sijasta. Kun otettiin huomioon Natura 2000 -luontotyyppioppaassa (Airaksinen-Karttunen, 1998) erityisesti Suomen luonnonoloja silmällä pitäen selostetut luontodirektiivissä tarkoitettujen dyynialueiden luontotyyppejä koskevat määritykset ja edustavuuden arviointiin vaikuttavat seikat sekä asiassa saatu selvitys Vattajanniemen alueen luontoarvoista, korkein hallinto-oikeus katsoi, että kohteen FI1000017, Vattajanniemi, alueen rajojen määrittäminen ei ollut dyynialueiden osalta perustunut luontodirektiivin 4 (1) artiklan edellyttämin tavoin luonnontieteellisiin perusteisiin ja asianmukaiseen tieteelliseen tietämykseen.

Kun valtioneuvosto ei näin ollen ollut alueen rajojen määrittämisen osalta toiminut sille kuuluvan harkintavallan rajoissa, valtioneuvoston päätös oli tältä osin hallintolainkäyttölain 7 §:n 1 momentissa, luonnonsuojelulain 61 §:n 1 momentissa ja 64 §:n 3 momentissa tarkoitetuin tavoin lainvastainen. Sen vuoksi korkein hallinto-oikeus kumosi valtioneuvoston päätöksen tältä osin ja palautti asian valtioneuvostolle uudelleen käsiteltäväksi sen harkitsemiseksi, onko Vattajanniemen alueelta edellä mainitut luontodirektiivin mukaiset SCI-alueiden valintaperusteet ja asianmukainen tieteellinen tietämys huomioon ottaen sisällytettävä komissiolle lähetettävään luetteloon vielä muitakin Suomen luonnonsuojeluliitto ry:n valituksessa tarkoitettuja alueita siten, että varmistetaan eri dyyniluontotyyppien suotuisa suojelun taso.

Siltä osin kuin asiassa on ollut kysymys yleisesti menettelystä ja kohteiden valinnan lainmukaisuudesta, päätöksessä on lausuttu kuten korkeimman hallinto-oikeuden 14.6.2000 antamassa päätöksessä taltio 1508 (3453/1/98 ja 4067/1/98). Samoin D:5262/1/98. Neuvoston direktiivi luontotyyppien sekä luonnonvaraisen eläimistön ja kasviston suojelusta 92/43/ETY Hallintolainkäyttölaki 7 § 1 mom. Luonnonsuojelulaki 61 § 1 mom. ja 64 § 3 mom.