Sotilasoikeudenkäyntiasioiden esitutkintaan ja sotilaskurinpitomenettelyyn Rajavartiolaitoksessa sovelletaan sotilaskurinpidosta ja rikostorjunnasta Puolustusvoimissa annetun lain (89/2025) 1–10 lukua, 175, 177–179 ja 181 §:ää. Mitä mainituissa lainkohdissa säädetään Pääesikunnan ja Puolustusvoimien kurinpitoesimiesten tehtävistä ja toimivallasta, sovelletaan Rajavartiolaitoksessa sen esikuntaan sekä kurinpitoesimiehiin.

Sotilaskurinpidosta ja rikostorjunnasta Puolustusvoimissa annetun lain 10 §:n 1 momentissa tarkoitettu esitutkinnan aloittamiseen oikeutettu virkamies on Rajavartiolaitoksessa Rajavartiolaitoksen esikunnan oikeudellisen osaston osastopäällikkö tai apulaisosastopäällikkö. Edellä tarkoitetussa tilanteessa Rajavartiolaitoksen apulaispäällikkö päättää tarvittaessa esitutkinnan suorittavasta Rajavartiolaitoksen hallintoyksiköstä. Jos esitutkinta on toimitettu Rajavartiolaitoksen esikunnan aloitteesta vastaavalla tavalla kuin sotilaskurinpidosta ja rikostorjunnasta Puolustusvoimissa annetun lain 10 §:ssä säädetään tai poliisin aloitteesta vastaavalla tavalla kuin mainitun lain 11 §:ssä säädetään, esitutkintapöytäkirja voidaan toimittaa suoraan toimivaltaiselle syyttäjälle. Tällöin asiassa ei tehdä sotilasoikeudenkäyntilain (326/1983) 14 §:n mukaista ratkaisua. Rajavartiolaitoksen esikunnan tai poliisin on kuitenkin ilmoitettava toimivaltaiselle kurinpitoesimiehelle asian lähettämisestä syyteharkintaan.

Tarkempia säännöksiä menettelystä sotilasoikeudenkäyntiasioiden esitutkinnassa sekä sotilaskurinpidosta ja rikostorjunnasta Puolustusvoimissa annetun lain 31 §:ssä tarkoitetuista kurinpitoesimiehistä, 17 §:ssä tarkoitetun lausunnon antamisesta ja 72 §:ssä tarkoitetusta varoituksen täytäntöönpanosta Rajavartiolaitoksessa annetaan valtioneuvoston asetuksella.