Yhteysviranomaisena toimii Lupa- ja valvontavirasto. Yhteysviranomaisena toimii kuitenkin työ- ja elinkeinoministeriö, kun hanke koskee ydinenergialaissa (990/1987) tarkoitettua ydinlaitosta tai muuta sellaista laitosta, jossa käsitellään tai varastoidaan tai jonne loppusijoitetaan ydinjätteitä. Ydinenergialain 2 §:n 1 momentin 2 kohdassa tarkoitetussa kaivos- ja malminrikastustoiminnassa, jonka tarkoituksena on uraanin tai toriumin tuottaminen, yhteysviranomaisena toimii kuitenkin Lupa- ja valvontavirasto.

Lupa- ja valvontavirasto tekee päätöksen arviointimenettelyn soveltamisesta 3 §:n 2 momentissa tarkoitettuun hankkeeseen.

Työ- ja elinkeinoministeriö tekee 1 momentissa tarkoitetun päätöksen hankkeissa, jotka koskevat ydinenergialaissa tarkoitettua ydinlaitosta tai muuta sellaista laitosta, jossa käsitellään tai varastoidaan tai jonne loppusijoitetaan ydinjätteitä. Ydinenergialain 2 §:n 1 momentin 2 kohdassa tarkoitetussa kaivos- ja malminrikastustoiminnassa, jonka tarkoituksena on uraanin tai toriumin tuottaminen, päätöksen tekee kuitenkin Lupa- ja valvontavirasto.

Tämän lain täytäntöönpanon yleinen ohjaus ja seuranta sekä ympäristövaikutusten arvioinnin yleinen kehittäminen kuuluu ympäristöministeriölle. Muut ministeriöt huolehtivat täytäntöönpanon ohjauksesta ja seurannasta sekä arvioinnin kehittämisestä toimialallaan.

Lupa- ja valvontavirasto ohjaa ja valvoo tämän lain täytäntöönpanoa.

Sen lisäksi, mitä muutoksenhausta erikseen säädetään, Lupa- ja valvontavirastolla on oikeus valittaa 3 §:ssä tarkoitettua hanketta koskevasta lupapäätöksestä sillä perusteella, että tässä laissa tarkoitettua ympäristövaikutusten arviointia ei ole suoritettu tai se on suoritettu olennaisilta osiltaan puutteellisesti.

Jos 3 §:ssä tarkoitetun hankkeen toteuttaminen ei edellytä lupaa ja hankkeen toteuttamiseen ryhdytään ennen tässä laissa edellytettyä ympäristövaikutusten arviointia, Lupa- ja valvontavirasto voi sakon uhalla määrätä hankkeen toteuttamisen keskeytettäväksi siihen saakka, kunnes ympäristövaikutusten arviointimenettely on suoritettu. Uhkasakosta säädetään uhkasakkolaissa (1113/1990).

Hankkeesta vastaava saa hakea muutosta 13 §:ssä tarkoitettuun päätökseen sekä 36 §:n nojalla tehtyyn päätökseen, jolla hankkeesta vastaavan esitys on hylätty. Valitettaessa Lupa- ja valvontaviraston päätöksestä toimivaltainen hallinto-oikeus on se, jonka tuomiopiirissä pääosa kysymyksessä olevasta hankkeesta sijaitsee. Muutoin muutoksenhaussa hallintotuomioistuimeen sovelletaan, mitä oikeudenkäynnistä hallintoasioissa annetussa laissa (808/2019) säädetään.