Urho Kekkosen kansallispuiston hoitoon ja käyttöön liittyvissä kysymyksissä on Metsähallituksen apuna kansallispuiston neuvottelukunta. Neuvottelukuntaan kuuluu enintään neljätoista jäsentä, jotka samoin kuin heidän henkilökohtaiset varajäsenensä Metsähallitus kutsuu neljäksi vuodeksi kerrallaan. Neuvottelukunnassa tulee olla ympäristöministeriön, elinvoimakeskuksen, Saamelaiskäräjien, asianomaisten kuntien ja paliskuntien, Puolustusvoimien, paikallisten luonnonsuojelua, riistanhoitoa, kalatalousalueita, asukkaita ja elinkeinoja edustavien yhteisöjen sekä retkeilyjärjestöjen edustus. Metsähallitus toimii neuvottelukunnan asiantuntijajäsenenä.