Tullin organisaatio muodostuu osastoista ja osastojen ulkopuolisista yksiköistä, joiden tehtävät voivat määräytyä toimintojaon mukaisesti tai alueellisesti.

Tullilla on työjärjestys. Työjärjestyksessä annetaan tarkemmat määräykset Tullin organisaatiosta, sen jakautumisesta osastoihin ja osastojen ulkopuolisiin yksiköihin, tehtävien järjestämisestä niissä ja päätöksenteosta. Tullin työjärjestys julkaistaan Suomen säädöskokoelmassa.

Tullin osastolla ja osaston ulkopuolisella yksiköllä voi olla oma työjärjestys.

Pääjohtaja ratkaisee virastolle kuuluvat asiat, joita ei ole säädetty tai viraston työjärjestyksellä määrätty muun Tullin virkamiehen ratkaistavaksi.

Pääjohtaja vahvistaa Tullin työjärjestyksen.

Pääjohtaja päättää Tullin toimivaltaan kuuluvien yleisten määräysten antamisesta. Päätös tehdään asianomaisen virkamiehen esittelystä. Määräysten esittely on eriytettävä niiden soveltamiseen liittyvien hallintopäätösten tekemisestä.

Pääjohtaja voi ottaa yksittäistapauksessa ratkaistavakseen asian, joka muutoin olisi hänen alaisensa ratkaistava. Pääjohtaja ei voi kuitenkaan ottaa ratkaistavakseen yksittäistä asiaa, jossa on kyse Tullin asiakkaana olevan henkilön tai oikeushenkilön oikeuksia tai velvollisuuksia koskevasta yksittäisestä asiasta tai joka liittyy 8 §:ssä tarkoitettuun valtion puhevallan käyttämiseen.

Pääjohtaja nimittää välittömässä alaisuudessaan toimivan virkamiehen.

Pääjohtaja nimittää viraston muut virkamiehet ja ottaa palvelukseen muun henkilöstön. Tullin työjärjestyksessä voidaan määrätä viraston muun virkamiehen ratkaistavaksi pääjohtajan nimitystoimivaltaan kuuluva viraston muun virkamiehen nimittämistä tai muun henkilöstön palvelukseen ottamista koskeva asia.

Pääjohtajan välittömässä alaisuudessa olevan johtajan viran erityisenä kelpoisuusvaatimuksena ovat valtion virkamieslain (750/1994) 8 §:n 2 momentissa säädetyt erityiset kelpoisuusvaatimukset.

Tullin tai sen virkamiehen toiminnasta tehdyn hallintokantelun ratkaisee pääjohtaja tai Tullin työjärjestyksessä määrätty muu virkamies. Tullin työjärjestyksessä voidaan määrätä tarkemmin Tullin tai sen virkamiehen toiminnasta Tullille, sen osastolle tai osaston ulkopuoliselle yksikölle osoitetun kantelun ratkaisemisesta. Tullin osaston tai osaston ulkopuolisen yksikön päällikön toimista tehdyn kantelun ratkaisee pääjohtaja.

Tullin henkilöstöstä, eräiden virkojen erityisistä kelpoisuusvaatimuksista, Tullin neuvottelukunnasta sekä pääjohtajan sijaisen määräämisestä säädetään valtioneuvoston asetuksella. Valtioneuvoston asetuksella voidaan antaa tarkempia säännöksiä pääjohtajan tehtävistä.

Tullin työjärjestyksessä määrätään Tullin sisäisestä organisaatiosta ja sen jakautumisesta osastoihin ja osastojen ulkopuolisiin yksiköihin, tehtävien järjestämisestä, hallintokantelujen käsittelystä ja päätöksenteosta.