Tarkastusviraston toimintaa johtaa pääjohtaja, jonka ratkaistaviksi kuuluvat ne tarkastusviraston asiat, joita ei 15 tai 15 a §:ssä säädetä seuraamuslautakunnan ratkaistaviksi tai joista ei viraston työjärjestyksessä muuta määrätä. Muun virkamiehen ratkaistavaksi ei saa siirtää asiaa, joka koskee eduskunnan virkamiehistä annetussa laissa (1197/2003) pääjohtajan ratkaistavaksi säädettyä asiaa, eduskunnalle annettavaa kertomusta tai tarkastusviraston talousarvioehdotusta taikka tarkastusviraston toiminnan kannalta merkittävää muuta asiaa.

Tarkastusvirasto voi asettaa uhkasakon 4 §:ssä säädettyjen velvoitteiden tehosteeksi sekä kirjanpidon saattamiseksi tarkastettavaan kuntoon. Tämän tai muun lain nojalla asetetun uhkasakon tuomitsee maksettavaksi 15 a §:ssä tarkoitettu seuraamuslautakunta.

Tarkastusvirastossa on seuraamuslautakunta. Se määrää tarkastusviraston toimivaltaan kuuluvan seuraamusmaksun.

Seuraamuslautakunnan puheenjohtajana on viraston pääjohtaja ja jäseninä kolme pääjohtajan kolmeksi vuodeksi kerrallaan määräämää oikeustieteen maisterin tai vastaavan aikaisemman tutkinnon suorittanutta tarkastusviraston virkamiestä.

Seuraamuslautakunnan puheenjohtaja ja jäsen toimivat tehtävässään riippumattomasti ja puolueettomasti.

Seuraamuslautakunnan päätös tehdään esittelystä. Päätökseksi tulee se kanta, jota enemmistö on kannattanut. Äänten mennessä tasan päätökseksi tulee se kanta, joka on lievempi sille, johon seuraamus kohdistuu.