Tonnagebeskattning verkställs för ett sådant skatteår som avses i 3 § i lagen om beskattningsförfarande (1558/1995). På verkställande av beskattning, slutförande av beskattning, kompletterande beskattningsbeslut, skattegranskning, rättelse av beskattningen, skatteförhöjning, förseningsavgift, ränta som tas ut på kvarskatt och ränta som betalas på skatteåterbäring samt på följdändring tillämpas lagen om beskattningsförfarande, lagen om skattetillägg och förseningsränta (1556/1995) samt lagen om skatteuppbörd (769/2016). På uppbörd, indrivning och återbäring av tonnageskatt tillämpas lagen om skatteuppbörd.