Ohjelman muuttamisessa noudatetaan, mitä ohjelman valmistelusta säädetään. Sisäministeriö hyväksyy kuitenkin ehdotuksen ohjelman muuttamisesta kuultuaan 8 §:ssä tarkoitettua seurantakomiteaa, kun kyse on Euroopan komission erityis- ja kansallisille tavoitteille suoraan kohdentaman lisärahoituksen lisäämisestä, turvapaikka-, maahanmuutto- ja kotouttamisrahastoasetuksen 17 ja 18 artikloissa tarkoitettujen täydentävien määrien ja niiden perusteena olevien henkilöiden lukumäärien lisäämisestä tai merkitykseltään vähäisestä muutoksesta.

Toimeenpano-ohjelman muuttamisessa noudatetaan, mitä sen valmistelusta ja hyväksymisestä säädetään. Merkitykseltään vähäisestä muutoksesta tai Euroopan komission Suomelle kohdentaman lisärahoituksen edellyttämästä teknisestä muutoksesta päättää kuitenkin sisäministeriö kuultuaan 8 §:ssä tarkoitettua seurantakomiteaa.

Edellä 1 momentista poiketen kertakorvauksena myönnettynä tukena maksetaan tukipäätökseen merkitty tuen enimmäiseuromäärä tai määrä, joka saadaan vähentämällä hyväksyttävistä kustannuksista muu julkinen tai yksityinen rahoitus ja tuotto, jos se on tukipäätökseen merkittyä tuen enimmäiseuromäärää pienempi.