Elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskusten sekä työ- ja elinkeinotoimistojen kehittämis- ja hallintokeskus vastaa Euroopan aluekehitysrahastoa, Euroopan sosiaalirahastoa, koheesiorahastoa, Euroopan maaseudun kehittämisen maatalousrahastoa ja Euroopan meri- ja kalatalousrahastoa koskevista yhteisistä säännöksistä sekä Euroopan aluekehitysrahastoa, Euroopan sosiaalirahastoa, koheesiorahastoa ja Euroopan meri- ja kalatalousrahastoa koskevista yleisistä säännöksistä sekä neuvoston asetuksen (EY) N:o 1083/2006 kumoamisesta annetun Euroopan parlamentin ja neuvoston asetuksen (EU) N:o 1303/2013 (yleisasetus) 125 artiklan 4 kohdan a—d alakohdan mukaisista hallintoviranomaisen tehtävistä.

Elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskukset osallistuvat toimialueillaan 1 momentissa tarkoitettujen yleisasetuksen 125 artiklan 4 kohdan a ja c alakohdan mukaisten tehtävien hoitamiseen hallintoviranomaisen määrittelemän työnjaon mukaisesti.

Varsinais-Suomen elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskus vastaa koko toimintaohjelman alueella yleisasetuksen 125 artiklan 2 kohdan d alakohdassa tarkoitetun tietojärjestelmän kehittämisestä ja ylläpidosta.

Varsinais-Suomen elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskus vastaa lisäksi kaikkien elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskusten virkamiesten ohjaamisesta ja neuvonnasta tietojärjestelmän käyttöön sekä säädösten ja ohjeiden soveltamiseen liittyvissä kysymyksissä.

Varsinais-Suomen elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskus ja elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskusten sekä työ- ja elinkeinotoimistojen kehittämis- ja hallintokeskus valmistelevat maa- ja metsätalousministeriön ohjauksessa toimintaohjelmaan liittyviä ohjeita ja lomakkeita.

Välittävien toimielinten on raportoitava tehtävien hoitamisesta hallintoviranomaiselle tämän edellyttämällä tavalla.