Saimaan kanavan vuokrasopimuksen 18 artiklan 2 kappaleen mukaisena erityisenä toimielimenä toimii Saimaan kanavan komissio. Liikenne- ja viestintäministeriö nimittää komission viideksi vuodeksi kerrallaan. Komission puheenjohtajana toimii kanavavaltuutettu ja jäseninä liikenne- ja viestintäministeriön, ulkoasiainministeriön, Rajavartiolaitoksen, Tullin ja Liikenneviraston edustajia.

Vietäessä Suomesta tavaroita vuokra-alueen käyttöä ja hoitoa varten tai tuotaessa niitä Suomeen Saimaan kanavan vuokra-alue  rinnastetaan  tullioikeudellisesti Euroopan unionin tullialueen ulkopuoliseksi alueeksi. Euroopan unionin tullialueesta säädetään unionin tullikoodeksista annetun Euroopan parlamentin ja neuvoston asetuksen (EU) N:o 952/2013 4 artiklassa.