Jos varsinainen jäsen on estynyt, hallintotuomioistuin voi kutsua varajäsenen hänen tilalleen. Samassa istunnossa saa olla enintään yksi varajäsen.

Korkein hallinto-oikeus määrää riittävän määrän varajäseniä ja päättää samalla, missä järjestyksessä he tulevat estyneen jäsenen tilalle. Varajäsenten määräämistä varten hallintotuomioistuin tekee esityksen korkeimmalle hallinto-oikeudelle. Varajäsenen tulee olla oikeustieteen muun ylemmän korkeakoulututkinnon kuin kansainvälisen ja vertailevan oikeustieteen maisterin tutkinnon suorittanut. Varajäsenen on vannottava tuomarinvala tai annettava tuomarinvakuutus, jollei hän ole tehnyt sitä aikaisemmin. Varajäseneksi esitettävän on ennen tehtävään määräämistä ja tehtävän kestäessä annettava hallintotuomioistuimelle tuomareiden nimittämisestä annetun lain (205/2000) 14 §:ssä tarkoitettu sidonnaisuusilmoitus.

Varajäsenen oikeudesta pysyä tehtävässään on voimassa, mitä tuomarin viranhaltijasta säädetään.