Elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskusten ja aluehallintovirastojen toimintaa koskevien yleisten tavoitteiden saavuttamiseksi sekä alueiden näkemysten huomioon ottamiseksi laaditaan keskuksille ja virastoille niiden toiminnan yleistä suunnittelua, ohjausta ja järjestämistä varten yhteinen strategia-asiakirja (strateginen suunnittelu). Lisäksi jokaiselle elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskukselle laaditaan tulossopimus (tulosohjaus). Strategia-asiakirja ja tulossopimukset laaditaan hallituksen toimikaudeksi, ja niiden sisältö tarkistetaan tarvittaessa vuosittain ottaen huomioon valtiontalouden kehykset ja valtion talousarvio.

Työ- ja elinkeinoministeriö ja valtiovarainministeriö laativat strategia-asiakirjan yhdessä 8 §:ssä ja aluehallintovirastoista annetun lain (896/2009) 10 §:ssä mainittujen ministeriöiden sekä yhteistyössä elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskusten, aluehallintovirastojen ja tarvittavin osin maakunnan liittojen kanssa. Jos strategia-asiakirjan sisällöstä ei saavuteta yksimielisyyttä ministeriöiden kesken, ratkaisee asian valtioneuvosto.

Työ- ja elinkeinoministeriö laatii elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskusten tulossopimukset yhdessä 8 §:ssä mainittujen ministeriöiden ja siinä tarkoitettujen keskushallinnon virastojen sekä yhteistyössä elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskusten ja maakunnan liittojen kanssa.

Elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskusten toiminnan strategisen suunnittelun ja tulosohjauksen sisällöstä ja menettelytavoista sekä suunnittelun ja ohjauksen yhteensovittamista varten perustettavista ryhmistä voidaan antaa tarkempia säännöksiä valtioneuvoston asetuksella.

Elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskusten toimintaa ohjaavat omilla toimialoillaan sisäministeriö, opetus- ja kulttuuriministeriö, liikenne- ja viestintäministeriö, maa- ja metsätalousministeriö, työ- ja elinkeinoministeriö ja ympäristöministeriö tai keskushallinnon virasto, jonka tehtäväksi ohjaus on erikseen säädetty tai määrätty (toimialaohjaus). Työ- ja elinkeinoministeriö huolehtii elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskuksen yhteisiä toimintoja ja muita elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskuksen yhtenäisen toiminnan kannalta tarpeellisia toimenpiteitä koskevasta toimialaohjauksesta.

Elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskusten toimialaohjauksen menettelytavoista voidaan säätää valtioneuvoston asetuksella.

Elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskuksen vastuualueen päällikkö nimitetään määräajaksi. Päällikön nimittää vastuualueen toimialaohjauksesta päävastuussa oleva ministeriö tai se keskushallinnon virasto, jonka tehtäväksi ohjaus on erikseen säädetty. Nimittävän ministeriön tai keskushallinnon viraston tulee kuulla muita vastuualueen toimialaohjaukseen osallistuvia ministeriöitä tai keskushallinnon virastoja sekä elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskusta ennen päätöksentekoa.

Elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskus kantaa ja vastaa valtion puolesta sekä valvoo tuomioistuimissa ja viranomaisissa valtion etua ja oikeutta kaikissa toimialaansa kuuluvissa asioissa, jollei toimialaohjauksesta vastaavan ministeriön tai keskushallinnon viraston edustaja sitä tee. Elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskuksen oikeudesta käyttää valtion puolesta asianomistajan puhevaltaa säädetään erikseen.

Kehittämis- ja hallintokeskus kantaa ja vastaa valtion puolesta sekä valvoo tuomioistuimissa ja viranomaisissa valtion etua ja oikeutta kaikissa sen tehtäväksi säädetyissä asioissa, jollei toimialaohjauksesta vastaavan ministeriön tai keskushallinnon viraston edustaja sitä tee.

Jos elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskuksen toimivaltaan kuuluvan asian vaikutukset koskevat merkittävästi kahden tai useamman elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskuksen toimialuetta, toimialaohjauksesta vastaava ministeriö päättää, mikä elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskus toimii valtion edustajana asiassa. Ministeriön päätökseen ei saa hakea muutosta valittamalla.

Työ- ja elinkeinotoimisto kantaa ja vastaa valtion puolesta sekä valvoo tuomioistuimissa ja viranomaisissa valtion etua ja oikeutta kaikissa toimiston toimialaan kuuluvissa asioissa, jollei toimialaohjauksesta vastaavan ministeriön tai keskushallinnon viraston edustaja taikka elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskuksen edustaja sitä tee.