Aluehallintoviraston virkamies voidaan toisen aluehallintoviraston pyynnöstä asettaa tilapäisesti ja virkamiehen virkapaikkaa muuttamatta toisen aluehallintoviraston käytettäväksi. Päätöksen asiasta tekee nimittävä viranomainen. Jos aluehallintovirastot eivät pääse asiassa yhteisymmärrykseen, voi päätöksen tehdä myös toimialaohjauksesta vastaava ministeriö. Päätöksessä on mainittava, missä laajuudessa virkamies on toisen aluehallintoviraston käytettävissä.

Aluehallintovirastojen ja elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskusten toimintaa koskevien yleisten tavoitteiden saavuttamiseksi sekä alueiden näkemysten huomioon ottamiseksi laaditaan virastoille ja keskuksille niiden toiminnan yleistä suunnittelua, ohjausta ja järjestämistä varten yhteinen strategia-asiakirja (strateginen suunnittelu). Lisäksi jokaiselle aluehallintovirastolle laaditaan tulossopimus (tulosohjaus). Strategia-asiakirja ja tulossopimukset laaditaan hallituksen toimikaudeksi, ja niiden sisältö tarkistetaan tarvittaessa vuosittain ottaen huomioon valtiontalouden kehykset ja valtion talousarvio.

Valtiovarainministeriö ja työ- ja elinkeinoministeriö laativat strategia-asiakirjan yhdessä 10 §:ssä ja elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskuksista annetun lain (897/2009) 8 §:ssä mainittujen ministeriöiden sekä yhteistyössä aluehallintovirastojen, elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskusten ja tarvittavin osin maakunnan liittojen kanssa. Jos strategia-asiakirjan sisällöstä ei saavuteta yksimielisyyttä ministeriöiden kesken, ratkaisee asian valtioneuvosto.

Valtiovarainministeriö laatii aluehallintovirastojen tulossopimukset yhdessä 10 §:ssä mainittujen ministeriöiden ja siinä tarkoitettujen keskushallinnon virastojen sekä yhteistyössä aluehallintovirastojen ja tarvittavin osin maakunnan liittojen kanssa.

Aluehallintovirastojen toiminnan strategisen suunnittelun ja tulosohjauksen sisällöstä ja menettelytavoista sekä suunnittelun ja ohjauksen yhteensovittamista varten perustettavista ryhmistä voidaan antaa tarkempia säännöksiä valtioneuvoston asetuksella.

Aluehallintovirastojen ja elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskusten yhteisessä strategia-asiakirjassa on oma osuutensa työsuojelun tehtävien suunnittelua ja ohjausta varten. Sosiaali- ja terveysministeriö laatii erilliset tulossopimukset aluehallintovirastojen työsuojelun tehtävien ohjausta varten.

Aluehallintovirastojen työsuojelun tehtäviä koskevan strategisen suunnittelun ja tulosohjauksen sisällöstä ja menettelytavoista voidaan antaa tarkempia säännöksiä sosiaali- ja terveysministeriön asetuksella.

Aluehallintovirastojen toimintaa ohjaavat omilla toimialoillaan oikeusministeriö, sisäministeriö, valtiovarainministeriö, sosiaali- ja terveysministeriö, opetus- ja kulttuuriministeriö, maa- ja metsätalousministeriö, työ- ja elinkeinoministeriö, ympäristöministeriö sekä se keskushallinnon virasto, jonka tehtäväksi ohjaus on erikseen säädetty tai määrätty (toimialaohjaus). Valtiovarainministeriö huolehtii viraston yhteisiä toimintoja ja muita viraston yhtenäisen toiminnan kannalta tarpeellisia toimenpiteitä koskevasta toimialaohjauksesta.

Aluehallintovirastojen toimialaohjauksen menettelytavoista voidaan säätää valtioneuvoston asetuksella.

Valtioneuvosto nimittää aluehallintoviraston johtajan määräajaksi valtiovarainministeriön esityksestä. Aluehallintoviraston vastuualueiden päälliköt, lukuun ottamatta työsuojelun tehtäviä hoitavan vastuualueen päällikköä, nimitetään määräajaksi. Vastuualueiden päälliköt ja 18 §:ssä tarkoitetun kielivähemmistön palveluyksikön päällikön nimittää vastuualueen toimialaohjauksesta päävastuussa oleva ministeriö tai se keskushallinnon virasto, jonka tehtäväksi ohjaus on erikseen säädetty. Nimittävän ministeriön tai keskushallinnon viraston tulee kuulla muita vastuualueen toimialaohjaukseen osallistuvia ministeriöitä tai keskushallinnon virastoja sekä aluehallintovirastoa ennen päätöksentekoa.

Aluehallintovirasto kantaa ja vastaa valtion puolesta sekä valvoo tuomioistuimissa ja viranomaisissa valtion etua ja oikeutta kaikissa toimialaansa kuuluvissa asioissa sekä sellaisissa asioissa, joissa toimivaltaista viranomaista ei ole laissa erikseen määrätty, lukuun ottamatta asioita, joista säädetään 4 §:n 1 momentin 5 kohdassa, jollei toimialaohjauksesta vastaavan ministeriön tai keskushallinnon viraston edustaja sitä tee.

Jos aluehallintoviraston toimivaltaan kuuluvan asian vaikutukset koskevat merkittävästi kahden tai useamman viraston toimialuetta, toimialaohjauksesta vastaava ministeriö päättää, mikä virasto toimii valtion edustajana asiassa. Ministeriön päätökseen ei saa valittamalla hakea muutosta.