Valtioneuvosto nimittää aluehallintoviraston johtajan valtiovarainministeriön esityksestä. Aluehallintoviraston vastuualueiden päälliköt, lukuun ottamatta työsuojelun tehtäviä hoitavan vastuualueen päällikköä, nimitetään määräajaksi. Vastuualueiden päälliköt ja 18 §:ssä tarkoitetun kielivähemmistön palveluyksikön päällikön nimittää vastuualueen toimialaohjauksesta päävastuussa oleva ministeriö tai se keskushallinnon virasto, jonka tehtäväksi ohjaus on erikseen säädetty. Nimittävän ministeriön tai keskushallinnon viraston tulee kuulla muita vastuualueen toimialaohjaukseen osallistuvia ministeriöitä tai keskushallinnon virastoja sekä aluehallintovirastoa ennen päätöksentekoa.

Aluehallintoviraston työsuojelun, ympäristölupa-asioiden sekä pelastustoimen ja varautumisen tehtäviä hoitavien vastuualueiden päälliköt nimittävät vastuualueidensa henkilöstön. Viraston muun henkilöstön nimittää viraston johtaja, jollei viraston työjärjestyksessä toisin määrätä.