Valtion tulo- ja menoarvion rajoissa voidaan 9 §:ssä tarkoitetulle kunnalle tai kuntalaissa  (410/2015) tarkoitetulle tällaisen kunnan jäsenelle myöntää avustusta toimenpiteisiin, jotka koskevat saaristoluonnon suojelemista taikka saariston maisemakuvan säilyttämistä tai parantamista. Avustusta voidaan myöntää mainitunlaisiin toimenpiteisiin myös yhdistykselle tai säätiölle, jonka tarkoituksena on luonnonsuojelun tai ympäristönhoidon edistäminen.

Avustuksen myöntää hakemuksesta elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskus. Ympäristöministeriö vahvistaa saaristoasiain neuvottelukuntaa kuultuaan käyttöperusteet sekä alueelliset avustuskiintiöt sen jälkeen, kun elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskukset ovat toimittaneet ministeriölle yhteenvedot hakemuksista.

Elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskusten sekä työ- ja elinkeinotoimistojen kehittämis- ja hallintokeskus hoitaa avustuksen maksamista, valvontaa ja takaisinperintää koskevat valtion-avustuslain (688/2001) 12, 19, 21 ja 22 §:n mukaiset tehtävät. Lisäksi kehittämis- ja hallintokeskus hoitaa elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskuksen lisäksi valtionavustuslain 15 §:n mukaisia valvontatehtäviä.