Yliopistotasoiseen terveyden tutkimukseen myönnetään valtion rahoitusta erityisvastuualueiden tutkimustoimikunnille, jotka päättävät tutkimusrahoituksen osoittamisesta tutkimushankkeille. Rahoitusta maksetaan erityisvastuualueiden tutkimustoimikunnille sosiaali- ja terveysministeriön neljäksi vuodeksi kerrallaan tekemän päätöksen mukaisesti. Ministeriön päätös perustuu tutkimustoiminnan painoalueiden ja tavoitteiden toteutumiseen sekä tutkimuksen laatuun, määrään ja tuloksellisuuteen edellisellä nelivuotiskaudella. Jos erityisvastuualueiden aluejako muuttuu nelivuotiskauden aikana, muuttunut aluejako otetaan huomioon sosiaali- ja terveysministeriön päätöksessä.

Lain 61 §:ää ja 63 §:n 2 momenttia tutkimusrahoitusta koskevilta osin sovelletaan 1 päivästä tammikuuta 2012. Sosiaali- ja terveysministeriö päättää kuitenkin tutkimusrahoituksen jakamisesta erityisvastuualueille vuosille 2012—2015 prosenttiosuuksina kolmelta edelliseltä vuodelta, joilta tiedot ovat saatavissa, kertyneiden julkaisupisteiden perusteella. Jos erityisvastuualueiden aluejako muuttuu ennen vuoden 2015 loppua, muuttunut aluejako otetaan huomioon sosiaali- ja terveysministeriön päätöksessä.