Ministeriön johtoryhmä käsittelee turvallisuutta, maahanmuuttoa, siviilikriisinhallintaa ja yhdenvertaisuutta koskevat keskeiset sekä usean osaston toimialaan kuuluvat asiat. Johtoryhmä arvioi myös toiminnan tuloksellisuutta, seuraa lainvalmistelua sekä käsittelee ja sovittaa yhteen muut laajakantoiset ja periaatteellisesti tärkeät asiat. Johtoryhmä käsittelee myös hallinnonalan ja ministeriön toimintaan keskeisesti vaikuttavat yhteiskuntapoliittiset linjaukset sekä toimintaa suuntaavat tulossuunnitelmat ja niiden toteuttamisen edellyttämät voimavarat.

Johtoryhmään kuuluvat sisäasiainministeri puheenjohtajana, valtiosihteeri varapuheenjohtajana sekä jäseninä kansliapäällikkö, poliisiosaston, pelastusosaston ja maahanmuutto-osaston osastopäälliköt, rajavartiolaitoksen päällikkö, hallintojohtaja, talousjohtaja, lainsäädäntöjohtaja, viestintäjohtaja ja ministeriön kansainvälisten asioiden yksikön päällikkö. Johtoryhmän sihteerin määrää puheenjohtaja. Ministerin erityisavustajilla on oikeus olla läsnä johtoryhmän kokouksissa. Johtoryhmän kokouksiin voivat tarvittaessa osallistua myös muut puheenjohtajan määräämät henkilöt.

Käsiteltäessä toiminta- ja taloussuunnitelmaa, henkilöstösuunnitelmaa sekä muita hallintoa, taloutta tai henkilöstöä keskeisesti koskevia asioita ministeriön johtoryhmään kuuluu lisäksi yksi henkilöstön edustaja.