Aluehallintovirastojen toiminnan ja tehtävien järjestämiseen sovelletaan, jollei tässä laissa toisin säädetä, työsuojeluhallinnosta annettua lakia (16/1993), ympäristönsuojelu- ja vesiasioiden käsittelystä aluehallintovirastossa annettua lakia (898/2009) ja pelastuslakia (379/2011).

Aluehallintovirastojen strategia-asiakirjassa on omat osuudet työsuojelun ja ympäristölupa-asioita koskevien tehtävien suunnittelua ja ohjausta varten. Aluehallintovirastojen työsuojelun tehtävien ohjausta varten ei laadita strategisia tulostavoiteasiakirjoja.

Aluehallintovirastojen työsuojelun tehtäviä koskevan strategisen suunnittelun ja ohjauksen sisällöstä ja menettelytavoista voidaan antaa tarkempia säännöksiä sosiaali- ja terveysministeriön sekä ympäristölupa-asioita koskevan strategisen suunnittelun ja ohjauksen sisällöstä ja menettelytavoista ympäristöministeriön asetuksella.

Aluehallintovirastojen toimintaa ohjaavat omilla toimialoillaan oikeusministeriö, sisäasiainministeriö, valtiovarainministeriö, sosiaali- ja terveysministeriö, opetus- ja kulttuuriministeriö, maa- ja metsätalousministeriö, työ- ja elinkeinoministeriö, ympäristöministeriö sekä se keskushallinnon virasto, jonka tehtäväksi ohjaus on erikseen säädetty tai määrätty (toiminnallinen ohjaus). Valtiovarainministeriö huolehtii viraston yhteisiä toimintoja ja muita viraston yhtenäisen toiminnan kannalta tarpeellisia toimenpiteitä koskevasta toiminnallisesta ohjauksesta.

Aluehallintoviraston johtaja ratkaisee viraston toimivaltaan kuuluvat asiat, jollei niitä ole säädetty tai työjärjestyksessä määrätty viraston muun virkamiehen ratkaistaviksi. Työsuojelun, ympäristölupa-asioiden ja pelastustoimen tehtäviä hoitavan vastuualueen toimivaltaan kuuluvat asiat ratkaisee kuitenkin asianomaisen vastuualueen päällikkö, jollei niitä ole säädetty tai vastuualueen työjärjestyksessä määrätty vastuualueen muun virkamiehen ratkaistaviksi taikka jollei päätöksenteosta ole toisin säädetty.

Aluehallintoviraston johtaja voi ottaa ratkaistavakseen asian, jonka viraston virkamies työjärjestyksen mukaan saa ratkaista. Viraston johtaja ei kuitenkaan voi ottaa ratkaistavakseen asiaa, joka kuuluu viraston työsuojelun tai ympäristölupa-asioiden tehtäviä hoitavan vastuualueen toimivaltaan tai joka kuuluu pelastustoimen tehtäviä hoitavan vastuualueen toimivaltaan ja koskee pelastuslaissa tarkoitettuja asioita.

Aluehallintoviraston hallinnon ja toimintojen järjestämisestä sekä asioiden valmistelusta ja ratkaisemisesta, lukuun ottamatta ympäristölupa-asioiden ja työsuojelun tehtäviä hoitavia vastuualueita, määrätään viraston työjärjestyksessä. Aluehallintoviraston työjärjestyksestä päättää viraston johtaja.

Aluehallintoviraston vastuualueella voi tarvittaessa olla työjärjestys. Työjärjestyksessä voidaan antaa tarkempia määräyksiä vastuualueen toimintojen järjestämisestä sekä henkilöstön tehtävistä ja työskentelypaikkakunnista. Vastuualueen työjärjestyksestä päättää vastuualueen päällikkö.

Valtioneuvosto nimittää aluehallintoviraston johtajan määräajaksi valtiovarainministeriön esityksestä. Aluehallintoviraston vastuualueiden päälliköt, lukuun ottamatta työsuojelun tehtäviä hoitavan vastuualueen päällikköä, nimitetään määräajaksi. Vastuualueiden päälliköt ja 18 §:ssä tarkoitetun kielivähemmistön palveluyksikön päällikön nimittää vastuualueen toiminnallisesta ohjauksesta päävastuussa oleva ministeriö tai se keskushallinnon virasto, jonka tehtäväksi ohjaus on erikseen säädetty. Nimittävän ministeriön tai keskushallinnon viraston tulee kuulla muita vastuualueen toiminnalliseen ohjaukseen osallistuvia ministeriöitä tai keskushallinnon virastoja sekä aluehallintovirastoa ennen päätöksentekoa.

Aluehallintoviraston työsuojelun, ympäristölupa-asioiden sekä pelastustoimen ja varautumisen tehtäviä hoitavien vastuualueiden päälliköt nimittävät vastuualueidensa henkilöstön. Viraston muun henkilöstön nimittää viraston johtaja, jollei viraston työjärjestyksessä toisin määrätä.

Aluehallintovirastojen ja Poliisihallituksen on toimittava yhteistyössä poliisin palvelujen alueellisen saatavuuden arviointia koskevissa asioissa.

Yhteistyön järjestämisen organisoinnista ja menettelytavoista voidaan säätää valtiovarainministeriön asetuksella.