Etnisten suhteiden neuvottelukunnalla on työjaosto, joka vastaa asioiden yhteensovittamisesta ja valmistelusta sekä lausuntojen ja asiakirjojen laatimisesta. Työjaoston puheenjohtajana on sisäasiainministeriön tai työ- ja elinkeinoministeriön virkamiesedustaja ja varapuheenjohtajana maahanmuuttajien tai etnisten vähemmistöjen edustaja. Neuvottelukunta asettaa työjaoston ja nimeää sen jäsenet ja heille henkilökohtaiset varajäsenet neuvottelukunnan jäsenistä ja varajäsenistä siten, että jaoston edustus noudattaa neuvottelukunnan kokoonpanoa. Työjaostossa on puheenjohtajan ja varapuheenjohtajan lisäksi enintään kahdeksan jäsentä.

Neuvottelukunta voi tarvittaessa asettaa asioiden valmistelua ja selvityksiä varten määräaikaisia työryhmiä tai jaostoja, joihin voi kuulua myös neuvottelukunnan ulkopuolisia asiantuntijoita. Neuvottelukunta voi kuulla ulkopuolisia asiantuntijoita.

Neuvottelukunnalla voi olla päätoiminen sihteeri, joka on palvelussuhteessa sisäasiainministeriöön. Neuvottelukunnalla voi olla myös sivutoimisia sihteereitä.

Neuvottelukunta kokoontuu vähintään kaksi kertaa vuodessa.