Toiminnan vesiin tai mereen kohdistuvien vaikutusten tarkkailumääräystä annettaessa on otettava huomioon, mitä vesienhoidon ja merenhoidon järjestämisestä annetussa laissa tarkoitetussa vesien tai meriympäristön tilaa koskevassa seurantaohjelmassa on pidetty tarpeellisena seurannan järjestämiseksi. Toiminnan tarkkailun tietoja voidaan käyttää mainitun lain mukaisessa seurannassa ja vesienhoitosuunnitelman ja merenhoitosuunnitelman laadinnassa.

Luvassa on 42 §:n 1 momentin 2 kohdassa tarkoitettua pilaantumisen merkittävyyttä arvioitaessa otettava huomioon, mitä vesienhoidon ja merenhoidon järjestämisestä annetun lain mukaisessa vesienhoitosuunnitelmassa tai merenhoitosuunnitelmassa on esitetty toiminnan vaikutusalueen vesien ja meriympäristön tilaan ja käyttöön liittyvistä seikoista. Luvassa on toiminnan sijoituspaikan soveltuvuutta tämän lain 6 §:n 2 momentin mukaisesti arvioitaessa sekä onnettomuuksien ehkäisemiseksi tarpeellisia lupamääräyksiä 43 §:n 3 momentin mukaisesti annettaessa otettava huomioon, mitä toiminnan sijoituspaikkaa ja vaikutusaluetta koskevassa tulvariskien hallinnasta annetun lain (620/2010) mukaisessa tulvariskien hallintasuunnitelmassa on esitetty.

Jos hankkeeseen sovelletaan ympäristövaikutusten arviointimenettelystä annettua lakia, lupapäätöksestä on käytävä ilmi, miten arviointi on otettu huomioon lupaharkinnassa. Lupapäätöksestä on lisäksi käytävä ilmi, miten vesienhoidon ja merenhoidon järjestämisestä annetun lain mukaiset vesienhoitosuunnitelmat sekä merenhoitosuunnitelma ja tulvariskien hallinnasta annetun lain mukaiset tulvariskien hallintasuunnitelmat on otettu huomioon.

Toistaiseksi voimassa olevassa luvassa tulee määrätä, mihin mennessä hakemus lupamääräysten tarkistamiseksi on tehtävä ja mitkä selvitykset on tuolloin esitettävä, jollei tällaista määräystä ole pidettävä ilmeisen tarpeettomana. Lupamääräyksiä on kuitenkin tarkistettava määräajoin, jos lupa koskee ympäristön pilaantumisen ehkäisemisen ja vähentämisen yhtenäistämiseksi annetun neuvoston direktiivin (96/61/EY) mukaan luvanvaraista toimintaa. Tarkistamista koskevaa määräystä tai luvan määräaikaisuutta harkittaessa on otettava huomioon vesienhoidon ja merenhoidon järjestämisestä annetun lain mukaiset vesienhoitosuunnitelmat ja merenhoitosuunnitelma sekä niiden toimenpideohjelmat. Erityisestä syystä myös määräaikaisessa luvassa voidaan määrätä lupamääräyksen tarkistamisesta. Luvan myöntäneen viranomaisen on käsiteltävä asia soveltuvin osin kuten lupahakemus.

Elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskus voi panna vireille vaatimuksen 19 §:n 2 momentin 7 kohdan mukaisesta ympäristönsuojelumääräyksen antamista koskevasta asiasta, jos kunta ei ole antanut tätä koskevaa määräystä ja määräystä on pidetty vesienhoidon ja merenhoidon järjestämisestä annetun lain mukaisessa vesienhoitosuunnitelmassa tai merenhoitosuunnitelmassa merkityksellisenä keinona vesien tai meriympäristön tilan kannalta.