Nimisuojaa koskevissa hakemusasioissa toimivaltainen viranomainen on maa- ja metsätalousministeriö, joka voi tarvittaessa käyttää apunaan elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskuksia.

Maa- ja metsätalousministeriö asettaa viideksi vuodeksi kerrallaan työryhmän, jonka tehtävänä on käsitellä tämän asetuksen soveltamisalaan kuuluvien tehtävien toimeenpanossa esille tulleita ongelmia ja tehdä järjestelmiä koskevia kehittämisehdotuksia sekä antaa ministeriölle pyynnöstä lausuntoja järjestelmien toimeenpanoon liittyvissä kysymyksissä. Työryhmään kuuluvat puheenjohtaja sekä enintään kymmenen jäsentä, joilla kullakin on henkilökohtainen varajäsen. Työryhmän puheenjohtajan ja jäsenten tulee olla maatalous- ja elintarvikealan asiantuntijoita ja heidän tulee edustaa maa- ja metsätalousministeriötä, Elintarviketurvallisuusvirastoa, Patentti- ja rekisterihallitusta, Sosiaali- ja terveydenhuollon tuotevalvontakeskusta, elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskuksia, yliopistoa ja Maa- ja metsätaloustuottajien keskusliittoa sekä suojattua nimeä käyttäviä elinkeinonharjoittajia. Maa- ja metsätalousministeriö määrää työryhmälle sihteerin.