Metsäkeskuksen johtokunnassa on yksi elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskuksen edustaja, yksi maakunnan liiton edustaja, yksi metsäteollisuuden edustaja, yksi henkilöstön tai koneyrittäjien edustaja sekä kolme metsänomistajien edustajaa. Metsänomistajista yksi edustaa Metsähallitusta niissä metsäkeskuksissa, joiden toimialueen metsätalousmaasta merkittävä osa on Metsähallituksen hallinnassa. Muut metsänomistajien edustajat kuin Metsähallituksen edustaja nimitetään asianomaisen metsäkeskuksen toimialueen edustavimpien metsänomistajajärjestöjen ehdottamista henkilöistä. Metsäteollisuutta, koneyrittäjiä ja metsäkeskuksen henkilöstöä edustava jäsen nimitetään edustavimpien järjestöjen ehdottamista henkilöistä.