Pääjohtaja johtaa Liikennevirastoa ja vastaa viraston toiminnan yleisestä kehittämisestä sekä valvoo, että virastolle kuuluvat tehtävät suoritetaan tehokkaasti ja tarkoituksenmukaisesti.

Viraston johtotehtävissä olevat virkamiehet vastaavat heidän johdettavakseen kuuluvan toiminnan tuloksellisuudesta ja kehittämisestä.

Liikenne- ja viestintäministeriön apuna liikennehallinnossa on Liikenneviraston neuvottelukunta. Sen tehtävänä on seurata Liikenneviraston toimintaa, tehdä liikennehallinnon kehittämistä koskevia aloitteita ja antaa lausuntoja. Neuvottelukunnassa on puheenjohtaja, varapuheenjohtaja ja enintään 12 muuta jäsentä, jotka liikenne- ja viestintäministeriö määrää kolmeksi vuodeksi kerrallaan. Kullekin jäsenelle on lisäksi määrättävä henkilökohtainen varajäsen. Neuvottelukunnassa tulee olla edustettuina liikenne- ja viestintäministeriö sekä Liikenneviraston keskeiset sidosryhmät ja asiakkaat. Neuvottelukunta kokoontuu puheenjohtajan tai varapuheenjohtajan kutsusta.

Pääjohtaja ratkaisee virastolle kuuluvat asiat, joita ei ole säädetty tai määrätty muun virkamiehen ratkaistavaksi. Pääjohtaja voi yksittäistapauksessa ottaa ratkaistavakseen asian, joka muutoin olisi hänen alaisensa ratkaistava, jollei muualla toisin säädetä.

Kelpoisuusvaatimuksena pääjohtajalla ja välittömästi hänen alaisinaan toimivilla viraston johtoon kuuluvilla virkamiehillä on ylempi korkeakoulututkinto ja perehtyneisyys virkaan kuuluviin tehtäviin sekä käytännössä osoitettu johtamistaito ja johtamiskokemus. Pääjohtajan välittömänä alaisena toimivan merenkulkuasioista vastaavan johtoon kuuluvan virkamiehen kelpoisuusvaatimuksena on ylempi korkeakoulututkinto tai merikapteenin tutkinto sekä perehtyneisyys virkaan kuuluviin tehtäviin sekä käytännössä osoitettu johtamistaito ja johtamiskokemus.

Pääjohtaja päättää Liikenneviraston virkojen perustamisesta ja lakkauttamisesta sekä virkanimikkeen muuttamisesta, jollei työjärjestyksessä toisin määrätä.

Pääjohtaja nimittää tai ottaa viraston henkilöstön, jollei työjärjestyksessä toisin määrätä.

Liikenne- ja viestintäministeriö myöntää pääjohtajalle virkavapauden. Yli kaksi vuotta kestävän virkavapauden myöntää kuitenkin valtioneuvosto, jollei se perustu lakiin tai virkaehtosopimukseen. Pääjohtaja myöntää virkavapauden muulle henkilöstölle, jollei työjärjestyksessä toisin määrätä.

Liikenne- ja viestintäministeriö määrää pääjohtajan sijaisen.

Liikennevirasto kantaa ja vastaa valtion puolesta sekä valvoo tuomioistuimessa, välimiesmenettelyssä, muissa viranomaisissa ja toimituksissa valtion etua ja oikeutta kaikissa virastolle kuuluvissa asioissa.

Tämä asetus tulee voimaan 1 päivänä tammikuuta 2010.

Ennen asetuksen voimaantuloa voidaan ryhtyä asetuksen täytäntöönpanon edellyttämiin toimenpiteisiin.