För att säkerställa vaccinsäkerheten ska Institutet för hälsa och välfärd föra ett register över vaccinbiverkningar. Yrkesutbildade personer inom hälso- och sjukvården ska anmäla alla konstaterade eller misstänkta vaccinbiverkningar som de får kännedom om. I registret över vaccinbiverkningar ska de uppgifter som behövs för patientsäkerheten och vaccinsäkerheten antecknas, nämligen patientens namn och personbeteckning, uppgifter om vaccineringar, deras indikationer och biverkningar. Institutet för hälsa och välfärd lämnar ut uppgifter ur registret över vaccinbiverkningar till Säkerhets- och utvecklingscentret för läkemedelsområdet. Säkerhets- och utvecklingscentret för läkemedelsområdet lämnar ut uppgifter som centret får om ett vaccin till Institutet för hälsa och välfärd. På registret över vaccinbiverkningar tillämpas lagen om riksomfattande personregister för hälsovården (556/1989).

Uppgifterna om biverkningar ska bevaras i tio år efter att giltighetstiden för vaccinets försäljningstillstånd eller registrering har gått ut. Därefter ska uppgifterna förstöras inom ett år om inte Institutet för hälsa och välfärd av särskilda skäl bestämmer att de fortfarande ska bevaras högst fem år i sänder.