Valtionapuviranomainen päättää 1 momentissa tarkoitettujen tietojen oikeellisuuden toteamiseksi rahoituksen saajan talouteen ja toimintaan kohdistuvista tarkastuksista. Opetusministeriö voi antaa tarkastuksen opetushallituksen tehtäväksi. Valtionapuviranomainen voi antaa tarkastuksen myös ulkopuolisen tilintarkastajan tehtäväksi. Tilintarkastajan tulee olla julkishallinnon ja -talouden tilintarkastajista annetussa laissa (467/1999) tai tilintarkastuslaissa (459/2007) tarkoitettu hyväksytty tilintarkastaja tai tilintarkastusyhteisö. Tilintarkastajalla tulee olla riittävä perehtyneisyys opetus- ja kulttuuritoimen rahoitusjärjestelmään. Tilintarkastusyhteisön on nimettävä tarkastuksesta päävastuullinen tilintarkastaja.

Rahoituksen saajan on korvauksetta annettava tarkastajalle kaikki tarkastuksen kannalta välttämättömät tiedot ja selvitykset, asiakirjat, tallenteet ja muu aineisto sekä muutoinkin avustettava tarkastuksessa. Tarkastajalla on oikeus päästä tarkastuksen edellyttämässä laajuudessa rahoituksen saajan hallinnassa tai käytössä oleviin rahoitettavassa toiminnassa käytettäviin tiloihin ja muille alueille. Tarkastusta ei kuitenkaan saa suorittaa kotirauhan piiriin kuuluvissa tiloissa. Tarkastajalla on oikeus ottaa tarkastuksen kohteena oleva aineisto haltuunsa, jos tarkastaminen sitä edellyttää. Aineiston haltuunotosta on tarkastuksen yhteydessä laadittava pöytäkirja. Siinä on mainittava haltuunoton tarkoitus ja haltuun otettu aineisto. Aineisto on palautettava viipymättä, kun sitä ei enää tarvita tarkastuksessa.

Valtionapuviranomaisella ja opetushallituksella on oikeus saada tarkastusta varten poliisi- ja ulosottoviranomaisilta tarpeellista virka-apua.

Ulkopuolinen asiantuntija voi valtionapuviranomaisen päätöksestä avustaa tarkastuksessa.

Ulkopuoliseen tilintarkastajaan ja ulkopuoliseen asiantuntijaan sovelletaan hallintolakia (434/2003), kielilakia (423/2003), viranomaisten toiminnan julkisuudesta annettua lakia (621/1999) sekä valtion virkamieslain (750/1994) 14 ja 15 §:ää.

Ulkopuoliseen tilintarkastajaan ja ulkopuoliseen asiantuntijaan sovelletaan rikosoikeudellista virkavastuuta koskevia säännöksiä.