Verotuksen toimittamisesta ja valvonnasta huolehtii Liikennevirasto, joka voi antaa yksityiskohtaisempia määräyksiä verotusmenettelystä, kirjanpidosta ja veroilmoituksesta.

Liikennevirasto voi hakemuksesta määräämillään ehdoilla joko uuden rautatiekuljetuksen käyttöönoton tai vähän liikennöidyn rataverkon osuuden käytön edistämiseksi kokonaan tai osittain vapauttaa verovelvollisen verosta. Vapautus voidaan myöntää kokonaiskestoltaan enintään kymmeneksi vuodeksi.

Verovelvollisen on annettava kirjallinen ilmoitus Liikennevirastolle kultakin verokaudelta viimeistään verokautta seuraavan kalenterikuukauden 20 päivänä. Veroilmoituksessa on oltava veron määräämistä varten tarvittavat tiedot.

Liikenneviraston on veroilmoituksen ja saamansa muun selvityksen perusteella viivytyksettä vahvistettava veron määrä.

Liikenneviraston päätökseen haetaan muutosta valittamalla Helsingin hallinto-oikeuteen. Valtion puolesta valitusoikeus Liikenneviraston päätökseen on Liikenneviraston pääjohtajan erikseen määräämällä virkamiehellä. Valituskirjelmä on toimitettava valitusajassa Liikennevirastolle.

Valitusaika rataveron määräämistä koskevassa asiassa on kolme vuotta veron määräämistä seuraavan kalenterivuoden alusta, kuitenkin aina vähintään 60 päivää päätöksen tiedoksisaannista. Valtion puolesta valitusoikeutta käyttävän Liikenneviraston virkamiehen valitusaika on 30 päivää päätöksen tekemisestä.

Jos Liikennevirasto 13 §:ssä tarkoitetulla tavalla oikaisee tai muutoin korjaa päätöstään tehdyn vaatimuksen mukaisesti, valitus raukeaa.

Siltä osin kuin valituksessa esitetyt vaatimukset eivät anna aihetta päätöksen oikaisemiseen tai korjaamiseen, Liikenneviraston on annettava valituksesta lausuntonsa ja toimitettava asian käsittelyssä syntyneet asiakirjat viipymättä Helsingin hallinto-oikeudelle.

Verovelvollisen on pyydettäessä esitettävä Liikennevirastolle tai tämän määräämälle asiantuntevalle ja esteettömälle henkilölle tarkastusta varten kirjanpitoaineistonsa ja muut verotuksessa tarpeelliset tiedot pyydetyssä muodossa.