Valtionapuviranomainen tässä asetuksessa tarkoitetuissa valtionavustuksissa on se elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskus, jonka toimialueelta kuljetus alkaa ja saaristokuljetusten tuen osalta Pohjois-Pohjanmaan elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskus.

Kuljetustukea koskeva hakemus on toimitettava toimivaltaiselle elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskukselle.

Hakemukseen on liitettävä rahti- tai kuljetuskirja taikka muu elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskuksen hyväksymä luotettava selvitys siitä kuljetuksesta, johon kuljetustukea haetaan. Lisäksi hakijan on toimitettava elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskukselle muut hakemuksen ratkaisemista varten tarpeelliset tiedot ja selvitykset.

Kuljetustukea on haettava kolmen kuukauden kuluessa kunkin hakemuskauden päättymisestä. Ensimmäinen hakemuskausi on tammikuun 1 päivän ja kesäkuun 30 päivän välinen ajanjakso ja toinen hakemuskausi heinäkuun 1 päivän ja joulukuun 31 päivän välinen ajanjakso.

Kuljetustukea vuoden 2008 kuljetuksista haetaan kuitenkin koko kalenterivuodelta viimeistään maaliskuun 31 päivänä 2009.

Elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskus voi erityisistä syistä myöntää tuen, vaikka sitä ei olisi haettu säädetyssä ajassa.

Saaristokuljetusten tukea voidaan myöntää 2 §:n 4 kohdassa tarkoitetuilta alueilta alkavista vähintään 65 kilometrin pituisista auto- ja vesikuljetuksista toiselle saarelle tai mantereelle sekä näiden keskinäisistä ja rautatiekuljetusten kanssa tapahtuvista yhdistetyistä kuljetuksista. Tukea voidaan myöntää lyhyemmistäkin kuljetuksista, jos poikkeuksellisen korkeat kuljetuskustannukset tai muut erityiset olosuhteet sitä edellyttävät.

Poiketen siitä, mitä 17 §:n 1 momentissa säädetään, tukea voidaan myöntää myös yritysten omista kuljetuksista erillisinä tai 1 momentissa tarkoitettuihin kuljetuksiin yhdistettyinä kuljetuksina. Tukea yritysten omista kuljetuksista voidaan myöntää enintään lähimpään mantereella sijaitsevaan kunnan keskustaajamaan tai lähimmälle rautatieasemalle saakka, ellei elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskus erityisistä syistä toisin päätä.

Edellä 1 ja 2 momentissa tarkoitetuissa yhdistetyissä kuljetuksissa tukiprosentti määrätään koko kuljetusmatkan pituuden mukaan. Ulkomaille suuntautuvista kuljetuksista tukea voidaan myöntää Suomessa suoritetulta kuljetusmatkalta valtakunnan rajalle tai vientisatamaan.

Saaristokuljetusten tuki myönnetään de minimis -tukena.

Saaristokuljetusten tuen hyväksyttäviin kustannuksiin sovelletaan, mitä 15 §:ssä säädetään.

Jos tukea haetaan yrityksen omiin kuljetuksiin, on niistä esitettävä elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskuksen vaatima selvitys.