Väestörekisterikeskus toimii valtiovarainministeriön alaisena.

Maistraatit ovat lääninhallituksen alaisia rekisterihallinnon paikallisviranomaisia.

Ahvenanmaan maakunnassa rekisterihallinnon paikallisviranomaisen tehtäviä hoitaa lääninhallitus.

Rekisterihallinnon laaja-alaisten kehittämishankkeiden ohjausta ja seurantaa sekä eri hallinnonaloille kuuluvien toimintojen yhteensovittamista koskevia asioita käsitellään rekisterihallinnon yhteistyöryhmässä, jonka valtiovarainministeriö asettaa kolmeksi vuodeksi kerrallaan.

Yhteistyöryhmässä ovat edustettuina valtiovarainministeriö, Väestörekisterikeskus, työ- ja elinkeinoministeriön hallinnonala, lääninhallitukset, maistraatit sekä rekisterihallinnon keskeisimmät yhteistyötahot.

Valtiovarainministeriö asettaa rekisterihallinnon yleiset tavoitteet ja toimintalinjat.

Ministeriö hyväksyy Väestörekisterikeskuksen ehdotuksesta viraston tulostavoitteet.

Lääninhallitus hyväksyy maistraatin ehdotuksesta sen tulostavoitteet rekisterihallinnon yleisten tavoitteiden ja toimintalinjojen perusteella kuultuaan Väestörekisterikeskusta ja Patentti- ja rekisterihallitusta. Maistraatin tulostavoitteet hyväksyy sen läänin lääninhallitus, jonka alueella maistraatin toimialue on. Lapin ja Oulun läänin maistraattien tulostavoitteet hyväksyy kuitenkin Itä-Suomen lääninhallitus.

Valtiovarainministeriö osoittaa määrärahan Väestörekisterikeskukselle sen toimintaa varten sekä määrärahat lääninhallituksille jaettaviksi maistraateille rekisterihallinnon toimintoja varten.

Maistraatin päällikön ollessa estynyt hänen sijaisenaan toimii työjärjestyksessä määrätty maistraatin virkamies. Maistraatin esityksestä lääninhallitus voi kuitenkin määrätä sijaiseksi toisen maistraatin päällikön, henkikirjoittajan tai muun virkamiehen tämän suostumuksella. Sijaisen määrää tällöin sen läänin lääninhallitus, jonka alueella maistraatin toimialue on. Lapin ja Oulun läänin maistraattien päälliköiden sijaisen määrää kuitenkin Itä-Suomen lääninhallitus.

Väestörekisterikeskuksen ylijohtajan nimittää valtioneuvosto. Muun henkilöstön ottaa Väestörekisterikeskus.

Maistraatin päällikön nimittää sen läänin lääninhallitus, jonka alueella maistraatin toimialue on. Lapin ja Oulun läänin maistraattien päällikön nimittää kuitenkin Itä-Suomen lääninhallitus. Muun henkilöstön ottaa maistraatti.