Ett affärsverk skall ha en verkställande direktör som leder och utvecklar affärsverkets verksamhet, sköter affärsverkets löpande förvaltning samt ser till att bokföringen är lagenlig och att medelsförvaltningen är ordnad på ett tillförlitligt sätt. I fråga om verkställande direktören gäller i tillämpliga delar vad som i aktiebolagslagen (624/2006) bestäms om verkställande direktören.

Ministeriet tillsätter årligen två revisorer för att granska affärsverkets förvaltning, ekonomi och räkenskaper. Den ena revisorn skall vara en OFR-revisor eller OFR-sammanslutning enligt lagen om revisorer inom den offentliga förvaltningen och ekonomin (467/1999) och den andra en CGR-revisor eller CGR-sammanslutning enligt revisionslagen (459/2007).

Ett affärsverks styrelsemedlemmar och verkställande direktör är på det sätt som i 22 kap. i aktiebolagslagen bestäms om ledningens skadeståndsskyldighet skyldiga att ersätta skada som de i sitt uppdrag uppsåtligen eller av oaktsamhet har orsakat affärsverket. Bestämmelser om skadeståndsskyldighet för revisorerna finns i 51 § i revisionslagen och i 24 § i lagen om revisorer inom den offentliga förvaltningen och ekonomin.