Tämän asetuksen noudattamista valvoo ylimpänä viranomaisena maa- ja metsätalousministeriö.

Sivutuoteasetuksen ja tämän asetuksen täytäntöönpanosta ja noudattamisen valvonnasta ja valvonnan järjestämisestä vastaa Elintarviketurvallisuusvirasto. Elintarviketurvallisuusvirasto käyttää valvonnassa apunaan työvoima- ja elinkeinokeskusten maaseutuosastoja.

Eläinperäisten lannoitevalmisteiden ja niiden raaka-aineena käytettävien sivutuotteiden maahantuontia valvoo Elintarviketurvallisuusvirasto sekä tullilaitos.

Elintarviketurvallisuusviraston on valvottava, että biokaasu- ja kompostilaitoksiin sekä lannan teknisiin käsittelylaitoksiin raaka-aineena käytettyjen eläinperäisten sivutuotteiden keräily, kuljetus ja käsittely sekä syntyvän lopputuotteen käyttö ja varastointi tai mahdollinen hävittäminen täyttävät sivutuoteasetuksen vaatimukset. Sivutuotteita laitoksiin toimittavan toimijan keräily- ja kuljetusmenettelyjen on täytettävä sivutuoteasetuksen 7 artiklan vaatimukset. Elintarviketurvallisuusviraston on tarkastettava toimijat ja laitokset vähintään kerran vuodessa. Elintarviketurvallisuusviraston on pidettävä tarkastuksista kirjaa. Tarkastuskirjanpito on säilytettävä vähintään 10 vuotta.

Eläinperäisiä lannoitevalmisteita tai niiden raaka-aineita eläinperäisistä sivutuotteista valmistavien, teknisesti käsittelevien ja varastoivien laitosten on oltava Elintarviketurvallisuusviraston hyväksymiä. Biokaasu- ja kompostilaitosten hyväksymisestä säädetään sivutuoteasetuksen 15 artiklassa sekä lannan teknisten laitosten hyväksymisestä sivutuoteasetuksen 20 artiklassa.

Hyväksyntää ei kuitenkaan edellytetä laitoksilta, jos tuote sijoitetaan hyväksytylle kaatopaikalle tai poltetaan hyväksytyssä polttolaitoksessa eikä maatiloilta, jotka tuottavat sivutuoteasetuksen mukaista käsittelemätöntä lantaa kunnes Euroopan yhteisön säännöksin toisin määrätään.

Hyväksymistä on haettava Elintarviketurvallisuusvirastolle toimitettavalla kirjallisella hakemuksella. Laitos on hyväksyttävä, jos se toiminnaltaan, rakenteiltaan ja varustukseltaan täyttää 1 §:n 1 momentin vaatimukset.

Elintarviketurvallisuusviraston on annettava hyväksytyille laitoksille hyväksyntäkoodi (FIN ja numero) sekä pidettävä luetteloa hyväksymistään laitoksista.

Jos sivutuotteiden keräilyssä, kuljetuksessa, esikäsittelyssä, käsittelyssä, sekä käsiteltyjen tuotteiden varastoinnissa, käytössä tai hävittämisessä ei noudateta tätä asetusta, Elintarviketurvallisuusviraston on mikäli se taudin toteamiseksi, hävittämiseksi, tai leviämisen estämiseksi on tarpeen rajoitettava taikka kiellettävä eläimestä saatavien sivutuotteiden luovuttaminen, huolehdittava sivutuotteiden ja alueen eristämisestä, sivutuotteiden kanssa kosketukseen joutuneiden esineiden ja tavaroiden pesusta ja desinfioinnista tai hävittämisestä taikka ryhdyttävä muihin tarpeellisiin toimenpiteisiin. Vakavissa tapauksissa Elintarviketurvallisuusviraston on ilmoitettava asiasta läänineläinlääkärille, joka antaa tarkemmat ohjeet toimenpiteistä. Valvontaviranomaisilla on oikeus päästä laitoksiin ja niihin tiloihin, joissa eläimistä saatavia sivutuotteita pidetään tai kuljetaan, sekä ottaa tarvittavia näytteitä.