Arkistolaitosta ja kansallisarkistoa johtaa pääjohtaja. Pääjohtaja päättää arkistolaitoksen toimivaltaan kuuluvien oikeussääntöjen antamisesta sekä vahvistaa arkistolaitoksen työjärjestyksen ja kansallisarkiston työjärjestyksen. Hän ratkaisee myös muut kansallisarkiston ratkaistavat asiat, joita ei ole säädetty tai työjärjestyksessä määrätty muun virkamiehen ratkaistaviksi. Valtioneuvoston asetuksella säädetään asioista, joita ei voida työjärjestyksessä määrätä muun virkamiehen ratkaistaviksi.

Maakunta-arkiston johtaja vahvistaa maakunta-arkiston työjärjestyksen. Maakuntaarkiston johtaja ratkaisee maakunta-arkistolle kuuluvat asiat, jollei ratkaisuvaltaa työjärjestyksessä ole siirretty muulle virkamiehelle.

Tarkempia säännöksiä arkistolaitoksen tehtävistä, henkilöstöstä, virkojen täyttämisestä sekä pääjohtajan sijaisen määräämisestä annetaan valtioneuvoston asetuksella.

Työjärjestyksissä määrätään tarkemmin arkistolaitoksen sisäiseen hallintoon kuuluvista asioista.

Edellä 20 §:n 1 momentissa tarkoitettuun väliaikaista säilyttämistä koskevaan arkistolaitoksen määräykseen ei saa erikseen hakea muutosta. Arkistolaitoksen 19 §:n nojalla tekemään päätökseen haetaan muutosta valittamalla hallinto-oikeuteen siten kuin hallintolainkäyttölaissa (586/1996) säädetään.