Kehittämiskeskuksella on johtokunta, johon kuuluu enintään seitsemän jäsentä. Kullakin jäsenellä on henkilökohtainen varajäsen, jota koskevat samat säännökset kuin jäsentäkin. Johtokunnan asettaa maa- ja metsätalousministeriö neljäksi kalenterivuodeksi kerrallaan.

Johtokunnan jäsenten tulee edustaa kehittämiskeskuksen toiminnan kannalta keskeistä asiantuntemusta. Johtokunnan jäsenistä kolmen tulee edustaa metsäkeskuksia. Metsäkeskusten edustajat tulee nimittää metsäkeskusten ehdottamista henkilöistä siten, että yksi jäsenistä nimitetään pääasiallisesti ruotsinkielisiä alueita varten olevan metsäkeskuksen ehdotuksesta.

Johtokunnan tehtävistä, asettamisesta, tarkemmasta kokoonpanosta ja muista johtokuntaa koskevista tarpeellisista asioista säädetään tarkemmin valtioneuvoston asetuksella.