Verohallitusta johtaa pääjohtaja. Pääjohtaja päättää verohallituksen toimivaltaan kuuluvien oikeussääntöjen antamisesta ja vahvistaa työjärjestyksen. Hän ratkaisee myös muut verohallituksessa ratkaistavat asiat, joita ei ole säädetty tai työjärjestyksessä määrätty verohallituksen muun virkamiehen ratkaistaviksi. Valtioneuvoston asetuksella säädetään asioista, joita ei voida työjärjestyksessä määrätä muun virkamiehen ratkaistaviksi.

Verovirastoa johtaa veroviraston päällikkö. Verovirastolle kuuluvat asiat ratkaisee veroviraston päällikkö tai muu virkamies sen mukaan kuin työjärjestyksessä määrätään. Veroviraston työjärjestyksen vahvistaa veroviraston päällikkö.

Valtioneuvoston asetuksella säädetään verohallinnon henkilöstöstä, virkojen täyttämisestä sekä pääjohtajan sijaisen määräämisestä. Tarkempia säännöksiä verohallituksen ja veroviraston hallinnosta sekä pääjohtajan ja muiden esimiesasemassa olevien virkamiesten esimiesasemaan liittyvistä tehtävistä voidaan antaa valtioneuvoston asetuksella.

Verohallituksen ja veroviraston työjärjestyksissä määrätään muista sijaisuuksista, sisäisestä johtamisesta sekä muista sisäiseen hallintoon kuuluvista asioista.