Valtion taloudellista tutkimuskeskusta johtaa ylijohtaja. Valtion taloudellisen tutkimuskeskuksen organisaatiosta ja toimintayksiköistä määrätään työjärjestyksessä, jonka ylijohtaja vahvistaa. Hän ratkaisee myös muut Valtion taloudellisen tutkimuskeskuksen ratkaistavat asiat, joita ei ole säädetty tai työjärjestyksessä määrätty Valtion taloudellisen tutkimuskeskuksen muun virkamiehen ratkaistaviksi. Valtioneuvoston asetuksella säädetään asioista, joita ei voida työjärjestyksessä määrätä muun virkamiehen ratkaistaviksi.

Valtioneuvoston asetuksella säädetään Valtion taloudellisen tutkimuskeskuksen virkojen täyttämisestä, ylijohtajan esimiesasemaan liittyvistä tehtävistä sekä ylijohtajan sijaisen määräämisestä.

Valtion taloudellisen tutkimuskeskuksen työjärjestyksessä määrätään muista sijaisuuksista, sisäisestä johtamisesta sekä muista sisäiseen hallintoon kuuluvista asioista.