Sopimuseläinten on oltava numeroituja eli identifioituja. Sopimukseen haetun nautaeläimen on oltava Maatalouden Laskentakeskuksen ylläpitämässä eläintunnisterekisterissä. Nautaeläimillä on käytettävä virallisia korvamerkkejä ja niistä on esitettävä ajan tasalla oleva Nautaeläinluettelo-niminen asiakirja. Siitostamman on oltava sopimuksen hakuvuotta edeltävänä vuonna astutettu tai varsonut ja oriin on oltava kantakirjattu. Hevonen on identifioitu, kun siitä on esitetty Suomen Hippoksen antama rekisteritodistus tai hevospassi. Lampaat ja vuohet voidaan merkitä loveamalla korva tai metallisilla tai muovisilla korvamerkeillä. Kanat on identifioitu, kun ne on liitetty Maa- ja elintarviketalouden tutkimuskeskuksen, jäljempänä MTT, maatiaiskanojen säilytysohjelman rekisteriin. Viljelijän on lähetettävä vuosittain rekisterin päivittämistä varten tarvittavat tiedot kanoista MTT:lle.

Sopimuseläinten on kuuluttava vähintään yhteen luotettavaan tarkkailu- tai rekisteröintijärjestelmään, josta ilmenee eläinten polveutuminen. Hyväksyttäviä rekistereitä ovat lammastarkkailurekisteri, vuohirekisteri, karjantarkkailurekisteri, kantakirjarekisteri, geenipankkirekisteri, suomenhevosen rekisteri ja MTT:n maatiaiskanojen säilytysohjelman rekisteri.

Sopimuseläimistä pidetään valitun tarkkailu- tai rekisteröintijärjestelmän mukaista kirjanpitoa, josta ilmenee eläinten sukupuoli, syntymätunnus, syntymäaika, rotutunnus tai isä ja emänisä sekä lisäksi tiedot eläimen käytöstä rodun lisäämiseen. Maatiaiskanojen osalta tilalla on oltava ajan tasalla oleva MTT:n todistus rekisteriin kuuluvista kanoista. Jos eläin on ostettu toiselta tilalta, on ilmoitettava, miltä tilalta eläin on tullut. Polveutumistiedoissa ilmoitetaan eläimen syntymätunnus tai muu vastaava tunnus, syntymäaika, rotutunnus tai isä ja emänisä, joiden on oltava hakemuksessa ilmoitettua rotua. Erityistuen saajalta voidaan tarvittaessa pyytää myös tiedot emänemän rodusta sopimuseläimen rodun varmentamiseksi.