Valtiokonttorin toimintaorganisaatio muodostuu toimialoista ja muista välittömästi pääjohtajan alaisista yksiköistä, joiden tehtävistä, organisoinnista ja päätöksenteosta määrätään tarkemmin työjärjestyksessä.

Valtiokonttorissa on viraston strategista suunnittelua tukeva neuvottelukunta. Neuvottelukuntaan kuuluu pääjohtaja ja enintään seitsemän muuta jäsentä, joista yksi on valtiokonttorin henkilöstön keskuudestaan nimeämä henkilö. Valtiovarainministeriö nimeää valtiokonttorin esityksestä neuvottelukunnan muut jäsenet määräajaksi, kuitenkin enintään neljäksi vuodeksi.

Valtiokonttori voi asettaa toimialojensa suunnittelun ja asiakas- sekä sidosryhmäsuhteiden tueksi myös muita neuvottelukuntia, joista määrätään työjärjestyksessä.

Valtiokonttorin päällikkönä on pääjohtaja.

Lisäksi valtiokonttorissa on muuta henkilöstöä.

Pääjohtaja johtaa valtiokonttorin toimintaa ja taloutta. Pääjohtaja vastaa valtiokonttorin toiminnan ja talouden asianmukaisesta järjestämisestä ja tuloksellisuudesta sekä erityisesti tulostavoitteiden saavuttamisesta samoin kuin toimintaa ja taloutta koskevasta raportoinnista. Pääjohtajan tulee seurata valtiokonttorin toimialan kehitystä sekä ryhtyä toimenpiteisiin tarpeellisten uudistusten ja parannusten toteuttamiseksi.

Pääjohtaja allekirjoittaa valtiokonttorin tilinpäätöksen siihen liittyvine asiakirjoineen.

Valtiokonttorin muut esimiesasemassa olevat vastaavat siitä, että heidän johdettavakseen kuuluvaa toimintaa ja taloutta hoidetaan asianmukaisesti ja tuloksellisesti ja että toimintayksikölle tai toiminnalle asetetut tulostavoitteet saavutetaan. Heidän tulee osaltaan seurata johdettavanaan olevan toiminnan yleistä kehitystä ja tehdä aloitteita tarpeellisten uudistusten ja parannusten toteuttamiseksi.

Valtiokonttorissa on eläketurvalautakunta, joka käsittelee valmistavasti sellaisia eläkeasioita, jotka ovat periaatteellista laatua tai joissa tehtävillä ratkaisuilla on erityistä merkitystä eläkesäännösten soveltamiselle muissa vastaavanlaisissa tapauksissa tahi joissa on kysymys ylimääräisen eläkkeen myöntämisestä.

Eläketurvalautakuntaan kuuluvat valtiovarainministeriön henkilöstöosaston päällikkö puheenjohtajana sekä neljä muuta, eläkeasioita tuntevaa jäsentä, jotka valtiovarainministeriö määrää kolmeksi vuodeksi kerrallaan. Valtiovarainministeriö määrää yhden jäsenistä toimimaan varapuheenjohtajana.

Eläketurvalautakunta on päätösvaltainen puheenjohtajan tai varapuheenjohtajan ja kahden muun jäsenen ollessa läsnä.

Valtiovarainministeriö vahvistaa eläketurvalautakunnan jäsenten palkkiot.

Pääjohtajan kelpoisuusvaatimuksena on ylempi korkeakoulututkinto, hyvä perehtyneisyys valtiokonttorin toimialaan sekä käytännössä osoitettu johtamistaito ja johtamiskokemus.

Välittömästi pääjohtajan alaisen esimiesasemassa olevan virkamiehen kelpoisuusvaatimuksena on ylempi korkeakoulututkinto, perehtyneisyys johdettavanaan olevaan toimialaan sekä käytännössä osoitettu johtamistaito.

Pääjohtajan nimittää valtioneuvosto. Nimittämisestä muihin virkoihin ja työsopimussuhteisen henkilökunnan ottamisesta määrätään työjärjestyksessä.

Pääjohtaja voi antaa 6 §:n 2 momentissa tarkoitetut kelpoisuusvaatimukset täyttävälle virkamiehelle määräyksen toimia toimialan tai muun välittömästi hänen alaisensa yksikön johtajana.

Pääjohtajalle myöntää virkavapautta valtioneuvosto. Jos kysymys on enintään kaksi vuotta kestävästä taikka lakiin, asetukseen tai virkaehtosopimukseen perustuvasta virkavapaudesta, sen myöntää kuitenkin valtiovarainministeriö.

Nimittämisestä virkamieheksi määräaikaiseen virkasuhteeseen pääjohtajaksi päättää valtiovarainministeriö, jos virkasuhde kestää enintään vuoden ja valtioneuvosto, jos virkasuhde kestää yli vuoden.

Muussa tapauksessa nimittämisestä virkamieheksi määräaikaiseen virkasuhteeseen ja ottamisesta määräaikaiseen työsopimussuhteeseen määrätään työjärjestyksessä.

Valtiovarainministeriö määrää valtiokonttorin esityksestä valtiokonttorin pääjohtajan sijaiset. Muilta osin sijaisuuksien järjestämisestä määrätään työjärjestyksessä.

Valtiokonttori kantaa ja vastaa valtion puolesta sekä valvoo valtion etua ja oikeutta kaikissa sen toimialaan kuuluvissa asioissa.

Oikeustieteen kandidaatin tutkinnon suorittaneella valtiokonttorin virkamiehellä on oikeus eri valtuutuksetta tuomioistuimessa, virastoissa ja toimituksissa valvoa 1 momentissa tarkoitetuissa asioissa valtion etua ja oikeutta sekä edustaa niissä valtiokonttoria.

Pääjohtajan määräämällä valtiokonttorin virkamiehellä on oikeus kiinnitysasioissa eri valtuutuksetta edustaa valtiokonttoria kiinnitysviranomaisessa.

Tämä asetus tulee voimaan 1 päivänä tammikuuta 2003.

Tällä asetuksella kumotaan valtiokonttorista 1 päivänä maaliskuuta 1991 annettu asetus (306/1991) siihen myöhemmin tehtyine muutoksineen.