Terveydenhuollon oikeusturvakeskuksen päällikkönä on ylijohtaja. Lisäksi oikeusturvakeskuksessa on apulaisjohtajia sekä muuta toiminnan edellyttämää virka- ja työsopimussuhteessa olevaa henkilökuntaa.

Ylijohtaja johtaa terveydenhuollon oikeusturvakeskusta ja vastaa siitä, että terveydenhuollon oikeusturvakeskuksen tehtävät hoidetaan tehokkaasti, taloudellisesti ja tuloksellisesti.

Apulaisjohtajan tulee avustaa ylijohtajaa terveydenhuollon oikeusturvakeskuksen johtamisessa työjärjestyksessä määrättävällä tavalla.

Terveydenhuollon oikeusturvakeskukselle kuuluvat asiat ratkaisee lautakunta, ylijohtaja tai muu virkamies, jolle sellainen toimivalta on työjärjestyksessä annettu. Asiat ratkaistaan esittelystä.

Ylijohtaja ratkaisee ne asiat, joita ei ole säädetty lautakunnan päätettäviksi taikka anneta työjärjestyksessä muun virkamiehen ratkaistaviksi.

Ylijohtaja voi ottaa yksittäistapauksessa ratkaistavakseen myös sellaisen asian, joka muutoin olisi muun virkamiehen ratkaistava.

Terveydenhuollon oikeusturvakeskuksen lautakunnassa esittelee asian ylijohtajan määräämä virkamies. Lautakunnassa sihteerinä toimii ylijohtajan määräämä henkilö.

Ylijohtajalla on kelpoisuusvaatimuksena ylempi korkeakoulututkinto ja hyvä perehtyneisyys hallinnonalan toimintaan sekä käytännössä osoitettu johtamistaito ja johtamiskokemus.

Apulaisjohtajalla on kelpoisuusvaatimuksena ylempi korkeakoulututkinto sekä perehtyneisyys viran tehtäväalaan ja käytännössä osoitettu johtamistaito.

Ylijohtajan nimittää valtioneuvosto.

Ylijohtaja nimittää tai ottaa muun henkilöstön.

Ylijohtajalle myöntää virkavapautta sosiaali- ja terveysministeriö. Apulaisjohtajalle virkavapauden myöntää ylijohtaja. Virkavapauden myöntämisestä muille virkamiehille määrätään työjärjestyksessä.

Ylijohtajan ollessa estynyt hänen sijaisenaan toimii ylijohtajan määräämä apulaisjohtaja.

Apulaisjohtajan sijaisena toimii ylijohtajan määräämä virkamies, jollei työjärjestyksessä toisin määrätä.

Ylijohtajaa ja apulaisjohtajaa sekä lauta-kunnan jäsentä ja esittelijää syytetään virka-virheestä Helsingin hovioikeudessa.