Terveydenhuollon oikeusturvakeskuksen tehtävänä on huolehtia terveydenhuollon ammattihenkilöiden valvontaa sekä raskauden keskeyttämistä, steriloimista, kastroimista, kuolemansyyn selvittämistä ja oikeuspsykiatriaa koskevassa lainsäädännössä sille säädetyistä tehtävistä samoin kuin tehtävistä, jotka muussa laissa tai asetuksessa taikka niiden nojalla säädetään tai määrätään sen huolehdittaviksi. Virasto hoitaa myös ne edellä tarkoitetun lainsäädännön nojalla sen toimialaan liittyvät tehtävät, jotka asianomai nen ministeriö sille määrää. Virasto on asianomaisen ministeriön alainen.

Lisäksi terveydenhuollon oikeusturvakeskus hoitaa ne kansainvälisissä toimielimissä käsiteltäviin terveydenhuoltoa ja sosiaalihuoltoa koskeviin ihmisoikeusasioihin liittyvät tehtävät, jotka asianomainen ministeriö sille määrää.