Asuntorahaston maksuliikkeen ja kirjanpidon valtion talousarvion ulkopuolisten varojen osalta hoitaa valtiokonttori. Asuntotoimen avustukset maksaa kuitenkin asuntorahasto lukuun ottamatta taloudellisissa vaikeuksissa oleville vuokrataloille myönnettäviä avustuksia. Valtioneuvosto voi myös antaa tarkempia määräyksiä avustusten maksamisesta.

Asuntorahaston tilikausi on kalenterivuosi. Rahastolla on edellä 1 momentissa mainittuun tarkoitukseen kaksi tilintarkastajaa, jotka ympäristöministeriö määrää tilikaudeksi kerrallaan. Toisen tilintarkastajan tulee olla Keskuskauppakamarin hyväksymä tilintarkastaja. Tilintarkastajien palkkiot määrää ympäristöministeriö.

Valtiontalouden tarkastusvirastolla on oikeus tarkastaa asuntorahaston varojen käyttöä.