Asianomainen ministeriö pitää kertyvien kalastuksenhoitomaksujen seurantaa, mainittujen varojen jakamista, kalatalouden suunnittelua, päätöksenteon valmistelua ja muiden kalatalouteen liittyvien tehtäviensä hoitamista varten tarpeellista kalastuksenhoitomaksurekisteriä. Rekisteriä pidetään automaattisen tietojen käsittelyn avulla. Rekisterinpitäjä voi antaa sivulliselle toimeksiantona suoritettavaksi rekisterinpitoon ja käyttöön liittyviä avustavia tehtäviä.

Rekisterinpidosta aiheutuvat kustannukset maksetaan kalastuksenhoitomaksuina kertyvistä varoista.

Kalastuksenhoitomaksurekisterin tietoja saadaan sen lisäksi, mitä 91 a §:ssä säädetään, käyttää kalatalouden muuhunkin edistämiseen sekä tutkimus- ja tilastotarkoituksiin. Asianomainen ministeriö voi luovuttaa kalastuksenhoitomaksurekisterin nimi- ja osoitetietoja kohtuullista maksua vastaan myös kalatalousalan suoramarkkinointiin, jollei rekisteriin merkitty henkilö ole sitä kieltänyt. Rekisterissä olevien tietojen käsittelystä on muutoin soveltuvin osin voimassa, mitä henkilörekisterilaissa (471/87) säädetään.