Lääkelaitoksessa on lääkelautakunta, eläinlääkelautakunta ja valvontalautakunta.

Asianomainen ministeriö kutsuu lääkelaitoksen esityksestä lautakuntien jäsenet ja varajäsenet enintään kolmeksi vuodeksi kerrallaan sekä määrää lautakuntien puheenjohtajat ja varapuheenjohtajat. Lautakunnan jäsenillä tulee olla yksi tai useampi varajäsen.

Lääkelaitoksen lautakunnassa asian esittelee ylijohtajan määräämä virkamies. Sihteerinä toimii ylijohtajan määräämä virkamies.

Lautakunnat ovat päätösvaltaisia kokouksen puheenjohtajan ja enemmistön jäsenistä ollessa läsnä.

Jos lautakunnassa ilmenee erimielisyyttä asian ratkaisemisesta, päätetään asia äänestyksellä. Lautakunnan päätökseksi tulee enemmistön kannattama ehdotus ja äänten mennessä tasan se ehdotus, jota kokouksen puheenjohtaja on kannattanut.

Lääkelautakunnassa käsitellään ja ratkaistaan asiat, jotka koskevat ihmisille tarkoitetun lääkevalmisteen lääkelain (395/87) 21 §:n 1 momentissa tarkoitettua myyntiluvan myöntämistä ja sanotun lain 27 ja 94 §:ssä tarkoitettua myyntiluvan peruuttamista.

Eläinlääkelautakunnassa käsitellään ja ratkaistaan asiat, jotka koskevat eläinlääkevalmisteen lääkelain 21 §:n 1 momentissa tarkoitettua myyntiluvan myöntämistä ja sanotun lain 27 ja 94 §:ssä tarkoitettua myyntiluvan peruuttamista.

Lääkelautakunnassa on puheenjohtajan ja varapuheenjohtajan lisäksi enintään kahdeksan muuta jäsentä. Yhden jäsenistä tulee edustaa bioteknologian, yhden epämuodostumaopin, yhden farmakologian, yhden farmasian, yhden sisätautiopin ja yhden yleislääketieteen asiantuntemusta.

Eläinlääkelautakunnassa on puheenjohtajan ja varapuheenjohtajan lisäksi enintään neljä muuta jäsentä. Yhden jäsenistä tulee edustaa elintarvikehygienian, yhden eläinlääketieteen, yhden farmakologian ja yhden pieneläinlääketieteen asiantuntemusta.

Lääkelautakunnan tai eläinlääkelautakunnan puheenjohtaja, varapuheenjohtaja taikka muu jäsen ei saa olla lääketehtaan, lääketukkukaupan, lääkelain  84  §:ssä tarkoitetun lääkkeen valmistajan, lääkevalmisteen myyntiluvan hakijan tai myyntiluvan haltijan taikka jotakin edellä mainittua yhteisöä edustavan liikkeen hallinto- tai johtoelimen jäsenenä eikä niiden toimihenkilönä eikä myöskään myyntiluvan hakijan tai myyntiluvan haltijan asiamiehenä tai yhteyshenkilönä. Hänellä ei saa olla edellä mainittuihin yhteisöihin muitakaan sellaisia taloudellisia tai muun laatuisia sidonnaisuuksia, jotka voisivat vaarantaa luottamusta hänen puolueettomuuteensa. Jäsenten ja varajäsenten on ennen tehtävään nimeämistä annettava selvitys myös kaikista epäsuorista sidonnaisuuksista mainittuihin yhteisöihin.

Valvontalautakunnassa on puheenjohtajanja varapuheenjohtajan lisäksi enintään kaksi muuta jäsentä. Yhden jäsenistä tulee edustaa farmaseuttista ja yhden oikeudellista asiantuntemusta.

Lääkelaitoksen johtokunnan ja lautakuntien jäsenet, pysyvät asiantuntijat sekä asiantuntijaryhmien jäsenet saavat suorittamistaan tehtävistä palkkiota ja matkakustannusten korvausta asianomaisen ministeriön vahvistamien perusteiden mukaisesti.