Seminaaria johtaa, kehittää ja sen hallintoa hoitaa johtokunta, jonka puheenjohtajana toimii kirkkokunnan arkkipiispa ja johon hänen lisäkseen kuuluu kuusi kirkollishallituksen kolmivuotiskaudeksi valitsemaa jäsentä. Johtokunnan jäsenistä kaksi valitaan Joensuun yliopiston ortodoksisen teologian laitoksen opettajakunnan ja kaksi ortodoksisen seminaarin opiskelijoiden esityksestä. Johtokunta valitsee keskuudestaan varapuheenjohtajan.

Johtokunta kokoontuu puheenjohtajan tai varapuheenjohtajan kutsusta ja on päätösvaltainen, kun kokoonkutsujan lisäksi vähintään kolme muuta jäsentä on läsnä.

Seminaarin opettaja toimii johtokunnan esittelijänä ja sihteerinä.