Patentti- ja rekisterihallituksessa on yritys- ja yhteisölinja, patentti- ja innovaatiolinja sekä tavaramerkki- ja mallilinja.

Lisäksi patentti- ja rekisterihallituksessa on johtamisen tukiyksikkö ja muita yksiköitä. Patentti- ja rekisterihallituksen yhteydessä toimii patentti- ja rekisterihallituksen valituslautakunta.

Linjojen jakautumisesta yksiköihin sekä niiden tehtävistä määrätään työjärjestyksessä. Työjärjestyksessä voidaan määrätä myös linjojen ulkopuolisista yksiköistä.

Kaupparekisteriasioissa patentti- ja rekisterihallituksen paikallisviranomaisina toimivat kihlakuntien rekisteritoimistot. Muista alueellisista tehtävistä määrätään tarkemmin työjärjestyksessä.

Patentti- ja rekisterihallituksen päällikkönä on pääjohtaja. Hänen apunaan toimivat linjanjohtajat.

Linjat jakautuvat tulosyksiköihin työjärjestyksen määräämällä tavalla. Linjanjohtajat toimivat tulosyksiköiden päällikkönä, siten kuin työjärjestyksessä määrätään.

Lisäksi patentti- ja rekisterihallituksessa on muuta virkasuhteessa olevaa henkilökuntaa. Patentti- ja rekisterihallituksessa voi olla myös työsopimussuhteessa olevaa henkilökuntaa.

Linjanjohtajat ja muut yksiköiden päälliköt avustavat pääjohtajaa viraston johtamisessa.

Linjan ja muun yksikön toimialaan kuuluvat periaatteellisesti tai muuten tärkeät asiat voidaan käsitellä asianomaisen yksikön istunnossa siten kuin työjärjestyksessä tarkemmin määrätään.

Pääjohtajalta vaaditaan oikeustieteen kandidaatin tutkinto tai muu virkaan soveltuva ylempi korkeakoulututkinto sekä hyvää hallinnon ja talouselämän tuntemusta sekä käytännössä osoitettua johtamistaitoa.

Yritys- ja yhteisölinjan sekä tavaramerkki- ja mallilinjan linjanjohtajalta vaaditaan oikeustieteen kandidaatin tutkinto, kokemusta hallinnollisissa tehtävissä sekä perehtyneisyyttä viraston toimialaan. Patentti- ja innovaatiolinjan linjanjohtajalta vaaditaan diplomi-insinöörin tutkinto tai muu virkaan soveltuva ylempi korkeakoulututkinto sekä kokemusta hallinnollisissa tehtävissä ja perehtyneisyyttä teollisoikeuksiin.

Pääjohtajan nimittää tasavallan presidentti valtioneuvoston esityksestä virkaa haettavaksi julistamatta.

Linjanjohtajat nimittää johtokunta.

Muun henkilökunnan nimittää tai ottaa pääjohtaja, jollei työjärjestyksessä toisin määrätä.

Pääjohtajan ollessa estynyt toimii hänen sijaisenaan ylijohtaja.

Muista sijaisjärjestelyistä päättää pääjohtaja.

Pääjohtajalle myöntää virkavapautta kauppa- ja teollisuusministeriö. Virkavapauden, joka kestää yli vuoden ja johon pääjohtajalla ei ole oikeutta suoraan lain tai virkaehtosopimuksen nojalla, myöntää kuitenkin valtioneuvosto.

Linjanjohtajille virkavapauden myöntää pääjohtaja. Virkavapauden myöntämisestä muille virkamiehille ja viran hoitamisesta virkavapauden aikana määrätään työjärjestyksessä.

Pääjohtajaa ja linjanjohtajia syytetään virkavirheestä Helsingin hovioikeudessa.