Vahvistetusta tehtäväjaosta huolimatta tutkimuslaitoksen toimintayksiköt suorittavat lisäksi ne tehtävät, jotka tutkimuslaitoksen hallitus tai ylijohtaja on niille antanut.

Tutkimuslaitoksen hallitukseen kuuluvat ylijohtaja puheenjohtajana sekä jäseninä tutkimuslaitoksen osastonjohtajat ja neljä maa- ja metsätalousministeriön kolmeksi vuodeksi kerrallaan määräämää jäsentä, joiden tulee edustaa kalantutkimuksen, kalanviljelyn, riistantutkimuksen ja porotalouden asiantuntemusta. Maa- ja metsätalousministeriö määrää kullekin jäsenelle henkilökohtaisen varamiehen. Varapuheenjohtajana toimii ylijohtajan sijainen.

Tutkimuslaitoksen hallitus kokoontuu puheenjohtajan tai hänen estyneenä ollessaan varapuheenjohtajan kutsusta ja on päätösvaltainen, kun puheenjohtaja tai varapuheenjohtaja ja osastonjohtajat tai heidän varamiehensä ovat läsnä. Erimielisyyden sattuessa ratkaistaan asia noudattaen samaa menettelyä kuin monijäsenisessä tuomioistuimessa.

Tutkimuslaitoksen päällikkönä on ylijohtaja.

Osaston päällikkönä on osastonjohtaja. Toimiston päällikkönä on toimistopäällikkö.

Tutkimuslaitoksen ylijohtajan sijaisen määrää laitoksen hallitus.

Osastonjohtajan ja muun virkamiehen sijaisen määrää ylijohtaja.

Kalantutkimusosaston ja riistantutkimusosaston osastonjohtajan viran haltijalla on professorin arvonimi.

Ylijohtaja johtaa ja kehittää tutkimuslaitoksen toimintaa sekä vastaa siitä, että tutkimuslaitokselle kuuluvat tehtävät hoidetaan tehokkaasti ja taloudellisesti.

Tutkimuslaitoksen virkamies tai työsopimussuhteinen henkilö on velvollinen yksittäistapauksessa tutkimuslaitoksen ylijohtajan määräyksestä suorittamaan sellaisenkin toimintayksikön tehtäviä, johon hän ei kuulu.

Hallitukselle ja ylijohtajalle kuuluvat asiat ratkaistaan esittelystä.

Tutkimuslaitoksen ylijohtaja ratkaisee asiat, joita ei käsitellä tutkimuslaitoksen hallituksessa tai joita ei tässä asetuksessa säädetä muun virkamiehen ratkaistavaksi. Työjärjestyksellä voidaan tutkimuslaitoksen ylijohtajalle kuuluva asia määrätä osastonjohtajan, toimistopäällikön taikka muun virkamiehen ratkaistavaksi.

Jos ilmenee epätietoisuutta, kenen ratkaistaviin asia kuuluu, kysymys asian ratkaisijasta on alistettava tutkimuslaitoksen ylijohtajalle.

Tutkimuslaitoksen hallituksessa esittelee asiat asianomainen osastonjohtaja, toimistopäällikkö tai tutkimuslaitoksen ylijohtajan määräämä muu virkamies. Tutkimuslaitoksen ylijohtajan ratkaistavan asian esittelee se virkamies, joka on asian valmistellut.

Tutkimuslaitoksen ylijohtajan, osastonjohtajan tai toimistopäällikön poissa ollessa ei saa ilman pakottavaa syytä ryhtyä sellaisiin toimenpiteisiin, jotka poikkeavat heidän toiminnassaan noudattamistaan periaatteista.

Työjärjestyksellä annetaan tarkemmat määräykset tutkimuslaitoksen yksiköissä käsiteltävistä asioista, niiden esittelystä ja muusta käsittelystä sekä siitä, kenelle asian ratkaiseminen kuuluu. Tutkimuslaitoksen hallitus vahvistaa työjärjestyksen.

Ylijohtajan nimittää tasavallan presidentti valtioneuvoston esityksestä virkaa haettavaksi julistamatta. Osastonjohtajan nimittää valtioneuvosto tutkimuslaitoksen hallituksen annettua asiasta lausunnon. Ennen lausunnon antamista kalantutkimusosaston ja riistantutkimusosaston osastonjohtajan virasta tutkimuslaitos voi hankkia enintään neljän asiantuntijan lausunnon hakijoiden tieteellisestä pätevyydestä.

Virkavapauden, jonka saamiseen virkamiehellä on lain tai virkaehtosopimuksen nojalla oikeus, sekä muun enintään yhden vuoden kestävän virkavapauden myöntää tutkimuslaitoksen ylijohtajalle ja osastonjohtajalle maa- ja metsätalousministeriö sekä muulle virkamiehelle tutkimuslaitoksen ylijohtaja. Muun yli vuoden kestävän virkavapauden myöntää tutkimuslaitoksen ylijohtajalle valtioneuvosto ja osastonjohtajalle maa- ja metsätalousministeriö sekä muulle virkamiehelle tutkimuslaitoksen ylijohtaja.

Tutkimuslaitoksen hallitus määrää, mihin yksikköön tutkimuslaitoksen virka sijoitetaan.