Merenkulkuhallituksessa on yleinen osasto, merenkulkuosasto, liikenneosasto, väyläosasto ja merikarttaosasto.

Yleiselle osastolle kuuluvat yleistä hallintoa, taloutta, lainsäädäntöä ja oikeudellisia kysymyksiä koskevat asiat, merenkulkuosastolle merenkulun ja veneilyn turvallisuutta ja valvontaa koskevat asiat, liikenneosastolle jäänmurtoa, luotsausta ja aluskalustoa koskevat asiat, väyläosastolle väyliä, kanavia ja satamia koskevat asiat sekä merikarttaosastolle merenmittausta ja merikarttoja koskevat asiat.

Osastojen jakautumisesta yksikköihin ja niiden tehtävistä määrätään merenkulkulaitoksen työjärjestyksessä. Työjärjestyksessä voidaan määrätä myös osastojen ulkopuolisista yksiköistä.

Merenkulkulaitoksen tehtävien alueellista hoitoa varten maa on jaettu merenkulkupiireihin. Merenkulkupiirit ovat merenkulkuhallituksen alaisia.

Liikenneministeriö määrää merenkulkupiirien lukumäärän, rajat ja keskushallintopaikat.

Merenkulkupiireissä voi olla myös aluetoimistoja.

Merenkulkupiirille kuuluvat toimialueellaan merenkulun ja veneilyn turvallisuutta ja valvontaa, luotsausta, aluskalustoa, väyliä, kanavia ja satamia sekä yhteysalusliikennettä koskevat asiat siten kuin niistä tässä asetuksessa säädetään ja merenkulkulaitoksen työjärjestyksessä tarkemmin määrätään.

Merenkulkupiirin tulee toimia laitoksen toimintaperiaatteiden ja piirille asetettujen tavoitteiden mukaisesti.

Merenkulkuhallitus voi määrätä merenkulkupiirin suorittamaan tehtäviä toisen piirin alueella.

Merenkulkulaitoksen toimintaa ohjaa ja valvoo valtioneuvoston neljäksi vuodeksi kerrallaan asettama johtokunta.

Johtokuntaan kuuluu merenkulkulaitoksen pääjohtaja puheenjohtajana, varapuheenjohtaja sekä enintään kuusi muuta jäsentä, joista yksi on määrättävä merenkulkulaitoksen edustavimpien henkilöstöjärjestöjen ehdottamista henkilöistä.

Liikenneministeriö vahvistaa johtokunnan jäsenten palkkiot.

Johtokunta on päätösvaltainen, kun sen kokouksessa on läsnä puheenjohtaja tai varapuheenjohtaja sekä vähintään kolme muuta jäsentä.

Johtokunnan kokouksessa päätetään asiat erimielisyyden sattuessa yksinkertaisella äänten enemmistöllä. Äänten mennessä tasan päätökseksi tulee se mielipide, jota kokouksen puheenjohtaja on kannattanut.

Johtokunta vahvistaa tarkemmat määräykset asiain käsittelystä johtokunnassa.

Merenkulkulaitoksen päällikkönä on pääjohtaja. Merenkulkuhallituksen yleisen osaston päällikkönä on ylijohtaja ja muiden osastojen päällikköinä merenkulkuneuvokset.

Merenkulkupiirin päällikkönä on piiripäällikkö.

Lisäksi merenkulkulaitoksessa on virkasuhteessa ja työsopimussuhteessa olevaa henkilökuntaa. Pääjohtaja sijoittaa muut kuin 1 ja 2 momentissa mainitut merenkulkulaitokseen perustetut virat merenkulkuhallitukseen ja merenkulkupiireihin.

Pääjohtaja johtaa merenkulkulaitosta ja vastaa siitä, että laitoksen tehtävät hoidetaan tehokkaasti ja taloudellisesti. Lisäksi hän huolehtii johtokunnan päätösten toimeenpanosta.

Ylijohtaja ja merenkulkuneuvokset avustavat pääjohtajaa laitoksen johtamisessa.

Merenkulkulaitoksessa johtotehtävissä olevat vastaavat heidän johdettavakseen kuuluvan toiminnan kehittämisestä ja tuloksellisuudesta.

Johtokunnassa käsiteltävät asiat ja asiat, joissa merenkulkuhallitus on valitusviranomainen, ratkaistaan esittelystä.

Työjärjestyksessä määrätään, mitkä muut asiat ratkaistaan esittelystä.

Pääjohtaja ratkaisee asiat, joita ei ratkaista johtokunnassa tai joita hän ei ole siirtänyt muun virkamiehen ratkaistavaksi.

Asiat, joissa merenkulkuhallitus on valitusviranomainen, pääjohtaja ratkaisee ylijohtajan tai asianomaisen merenkulkuneuvoksen esittelystä.

Pääjohtaja, ylijohtaja tai merenkulkuneuvos voi ottaa yksittäistapauksessa ratkaistavakseen asian, joka muutoin olisi hänen alaisensa ratkaistava.

Piiripäällikkö ratkaisee merenkulkupiirille kuuluvat asiat lukuun ottamatta asioita, jotka 2 momentin mukaan kuuluvat merenkuluntarkastuksen ylitarkastajalle.

Piirin merenkuluntarkastuksen ylitarkastaja ratkaisee merenkulun turvallisuusvalvontaan kuuluvat asiat. Hänen tehtävänään on lisäksi ilmoittaa syytteeseen merenkulkua koskevien säännösten rikkomiset.

Piiripäällikön ja merenkuluntarkastuksen ylitarkastajan ratkaisuvaltaa voidaan työjärjestyksessä siirtää muulle piirin virkamiehelle.

Piiripäällikkö tai merenkuluntarkastuksen ylitarkastaja voi yksittäistapauksessa ottaa ratkaistavakseen asian, joka muutoin olisi hänen alaisensa ratkaistava.

Työjärjestyksessä määrätään, mitkä piirissä käsiteltävät asiat ratkaistaan esittelystä.

Yleisena kelpoisuusvaatimuksena merenkulkulaitoksen virkoihin on sellainen taito ja kyky, jota virkaan kuuluvien tehtävien menestyksellinen hoitaminen edellyttää.

Pääjohtajalta, ylijohtajalta, merenkulkuneuvokselta ja piiripäälliköltä vaaditaan myös käytännössä osoitettua johtamistaitoa.

Pääjohtajan nimittää tasavallan presidentti valtioneuvoston esityksestä.

Ylijohtajan, merenkulkuneuvoksen ja piiripäällikön nimittää valtioneuvosto.

Tässä pykälässä mainitut virat täytetään niitä haettavaksi julistamatta.

Merenkulkuhallituksen muut virat täyttää ja työsopimussuhteisen henkilöstön ottaa pääjohtaja, jollei tätä oikeutta ole työjärjestyksessä siirretty ylijohtajalle, merenkulkuneuvokselle tai muulle virkamiehelle.

Piirien ylitarkastajat ja hallinnosta vastaavan tarkastajan nimittää pääjohtaja piiripäällikön annettua asiasta lausunnon. Muut merenkulkupiirien virat täyttää ja työsopimussuhteisen henkilöstön ottaa piiripäällikkö, jollei työjärjestyksessä ole toisin määrätty.

Tilapäisen virkamiehen ottaa se viranomainen tai virkamies, joka nimittää vastaavan vakinaisen viranhaltijan, jollei työjärjestyksessä ole toisin määrätty.

Pääjohtajalle virkavapauden myöntää liikenneministeriö. Virkavapauden, joka kestää yli vuoden eikä perustu lakiin tai virkaehtosopimukseen, myöntää kuitenkin valtioneuvosto.

Valtioneuvoston nimittämälle virkamiehelle virkavapauden myöntää pääjohtaja. Virkavapauden, joka kestää yli vuoden eikä perustu lakiin tai virkaehtosopimukseen, myöntää kuitenkin liikenneministeriö.

Muille kuin 1 ja 2 momentissa mainituille merenkulkuhallituksen virkamiehille virkavapauden myöntää merenkulkuhallitus ja merenkulkupiirin virkamiehille merenkulkupiiri sen mukaan kuin työjärjestyksessä määrätään.

Virkaan kuuluvien tehtävien hoitamisesta virkavapauden aikana päättää se viranomainen tai virkamies, joka myöntää virkavapauden, jollei työjärjestyksessä toisin määrätä.

Pääjohtajan viran ollessa avoinna päättää viran väliaikaisen hoitajan ottamisesta enintään vuodeksi liikenneministeriö ja yli vuodeksi valtioneuvosto. Muun avoinna olevan viran väliaikaisen hoitajan ottaa sama viranomainen tai virkamies, joka määrää viransijaisen, jollei työjärjestyksessä toisin määrätä.

Pääjohtajan estyneenä ollessa hänen sijaisenaan toimii ylijohtaja. Pääjohtajan esityksestä liikenneministeriö voi määrätä hänelle myös muita sijaisia.

Ylijohtajan ja merenkulkuneuvoksen sijaisen määrää pääjohtaja.

Piiripäällikön sijaisen määrää pääjohtaja piiripäällikön esityksestä.

Mitä 20 ja 21§:ssä on säädetty virkamiehistä noudatetaan soveltuvin osin myös työsopimussuhteessa olevaan henkilökuntaan.

Merenkulkuhallitus kantaa ja vastaa valtion puolesta ja valvoo tuomioistuimissa ja virastoissa valtion etua ja oikeutta kaikissa merenkulkulaitosta koskevissa asioissa.

Merenkulkuhallituksen oikeustoimiston toimistopäälliköllä on oikeus joko itse tai valtuuttamansa asiamiehen välityksellä tuomioistuimissa, muissa viranomaisissa, välimiesmenettelyssä ja toimituksissa valvoa valtion etua ja oikeutta sekä edustaa niissä merenkulkulaitosta.

Merenkulkupiirin päällikkö tai hänen valtuuttamansa on oikeutettu edustamaan valtiota merenkulkupiiriä koskevissa asioissa, joissa merenkulkuhallituksen edustaja ei ole paikalla.

Merenkulkuhallitus voi oikeuttaa merenkulkupiirin ryhtymään edellä mainittuihin toimenpiteisiin.

Pääjohtaja antaa johtokunnan päättämissä rajoissa työjärjestyksessä tarkemmat määräykset merenkulkulaitoksen sisäisestä työnjaosta ja hallinnon järjestämisestä.

Tämä asetus tulee voimaan 1 päivänä maaliskuuta 1990.

Kanavalaitoksesta annetussa asetuksessa mainitut kanavalaitoksen tehtävät ja maa- ja vesialueiden hallinta siirtyvät tämän asetuksen voimaantullessa merenkulkulaitokselle. Kanaviin luetaan kuuluvaksi myös Suomen Tasavallan ja Sosialististen Neuvostotasavaltain Liiton kesken Saimaan kanavan Neuvostoliitolle kuuluvan osan ja Malyj Vysotskij-saaren vuokraamisesta Suomen Tasavallalle tehdyllä sopimuksella (SopS 40/63) vuokrattu Neuvostoliiton puoleinen kanavan osa vuokrattuine maa- ja vesialueineen sekä vuokrasopimuksen perusteella rakennettuine rakenteineen ja laitteineen.

Ennen tämän asetuksen voimaantuloa liikenneministeriö voi päättää merenkulkupiirien lukumäärästä, piirien rajoista ja keskushallintopaikoista, minkä lisäksi voidaan ryhtyä muihinkin asetuksen täytäntöönpanon edellyttämiin toimenpiteisiin.

Jos merenkulkulaitoksen virka täytetään ennen tämän asetuksen voimaantuloa, noudatetaan tämän asetuksen säännöksiä. Edellä 18§:n 2 momentissa mainitut virat saadaan kuitenkin täyttää ilman johtokunnan lausuntoa.