Vesioikeudella on sijaintipaikallaan kanslia.

Hallintoasioita käsittelevät vesioikeuden yhteisistunto, hallintojaosto ja vesioikeuden päällikkö.

Yhteisistuntoon osallistuvat vesioikeustuomarit, vesioikeusinsinöörit ja vesioikeuslimnologit. Yhteisistunnon puheenjohtajana toimii vesioikeuden päällikkö.

Yhteisistunto on päätösvaltainen, kun puheenjohtajan lisäksi vähintään puolet sen jäsenistä on saapuvilla.

Hallintojaostoon kuuluvat vesioikeuden päällikkö puheenjohtajana sekä jäseninä muut vesioikeustuomarit ja kaksi yhteisistunnon kalenterivuodeksi kerrallaan vesioikeusinsinööreistä ja vesioikeuslimnologeista valitsemaa jäsentä. Yhteisistunto valitsee hallintojaostoon kalenterivuodeksi kerrallaan vesioikeusinsinööreistä ja vesioikeuslimnologeista myös kaksi varajäsentä.

Hallintojaosto on päätösvaltainen, kun puheenjohtaja ja vähintään kaksi jäsentä on saapuvilla.

Vesilain 15 luvun 4§:n 2 momentissa tarkoitettu ylimääräinen vesioikeustuomari ei kuulu hallintojaostoon eikä sen jäseneksi tai varajäseneksi voida valita sanotussa lainkohdassa tarkoitettua muuta vesioikeuden ylimääräistä jäsentä.

Yhteisistunnossa asiat ratkaistaan vesioikeuden sihteerin esittelystä. Hallintojaostossa asiat ratkaistaan vesioikeuden sihteerin tai osastosihteerin esittelystä.

Yhteisistunnosta ja hallintojaoston istunnosta laadittavan pöytäkirjan allekirjoittaa puheenjohtaja ja varmentaa esittelijä.

Hallintojaosto voi siirtää sille kuuluvan periaatteellisesti merkittävän tai muutoin tärkeän asian yhteisistunnon ratkaistavaksi.

Vesioikeuden päällikkö voi tarvittaessa siirtää hänelle kuuluvan asian hallintojaoston ratkaistavaksi.

Asian käsittelyyn jaostossa osallistuu puheenjohtajan lisäksi kaksi tai kolme jäsentä sen mukaan kuin jäljempänä määrätään.

Jaoston puheenjohtaja määrää, missä kokoonpanossa asia käsitellään. Vesioikeus voi käsittelyn kuluessa päättää kokoonpanon laajentamisesta, mikäli muistutukset ja vaatimukset sitä edellyttävät tai siihen muutoin on erityistä syytä.

Kahteen tai useampaan jaostoon määrätyn vesioikeusinsinöörin tai vesioikeuslimnologin osallistumiseen asian käsittelyyn on saatava vesioikeuden päällikön hyväksyminen.

Määrätessään, missä kokoonpanossa asia käsitellään, jaoston puheenjohtajan on noudatettava seuraavia perusteita:

Asiat käsitellään yleensä 10§:n 1 kohdassa tarkoitetussa peruskokoonpanossa.

Jos asiassa on kysymys toimenpiteestä, joka vaikuttaa huomattavasti vesistön tilaan, kalastoon tai muutoin vesiluontoon tai jos asian ratkaiseminen muutoin edellyttää erityistä luonnontaloudellista asiantuntemusta, se käsitellään 10§:n 2 kohdassa mainitussa kokoonpanossa. Jos sellainen asia lisäksi edellyttää laajaa teknistä asiantuntemusta, se käsitellään 10§:n 3 kohdassa mainitussa kokoonpanossa.

Kokoonpanoa määrättäessä on otettava huomioon asioiden laatu ja työmäärän mahdollisimman tasainen jakautuminen jäsenten kesken.

Vesioikeudelle saapuneet asiat kirjataan ja jaetaan jaostoille sen mukaan kuin vesioikeuden päällikkö on määrännyt. Asioiden jakamisesta jaostoille voi päällikkö antaa pysyväismääräyksen.

Jaoston puheenjohtaja määrää ne jäsenet, jotka osallistuvat asian käsittelyyn, ellei asiaa ole jätetty vesioikeustuomarin päätöksellä tutkimatta.

Vesilain mukaista menettelyä koskevat päätöksensä vesioikeus tekee puheenjohtajan esittelystä.

Edellä 14§:ssä tarkoitetun menettelyn jälkeen puheenjohtaja määrää vesioikeuden sihteerin ja tarvittaessa tarkastavan jäsenen valmistelemaan vesioikeuden päätöstä. Samalla puheenjohtaja määrää vesioikeuden sihteerin tai jäsenen taikka heidät yhdessä asian esittelijäksi.

Vesioikeuden sihteeri valmistelee ja kokoaa luonnoksen vesioikeuden päätökseksi. Jos esittelijäksi on määrätty jäsen, päätösluonnos laaditaan ratkaisuehdotuksen osalta hänen ohjeittensa mukaan. Muiden jäsenten tulee tarvittaessa omalla toimialallaan avustaa vesioikeuden sihteeriä ja jäsentä valmistelussa. Heille on varattava tilaisuus perehtyä luonnokseen ja asiakirjoihin ennen kuin vesioikeus ottaa asian istunnossaan ratkaistavakseen.

Vesioikeuden istunnossa asian esittely tapahtuu suullisesti päätösluonnokseen pohjautuen käyttäen apuna valmistelun yhteydessä mahdollisesti laadittuja muistioita.

Istunnosta laaditaan pöytäkirja, johon merkitään tarpeen mukaan yksilöityinä tiedot käsitellystä asiasta ja lyhyesti vesioikeuden ratkaisu. Jos asiassa toimitetaan äänestys tai siinä lausutaan eriävä mielipide, on siitä niin ikään tehtävä merkintä pöytäkirjaan. Istunnossa laaditun pöytäkirjan allekirjoittaa puheenjohtaja ja varmentaa sihteeri.

Suullisesta käsittelystä laaditaan pöytäkirja, joka sisältää selostuksen käsittelyn pääasiallisesta kulusta ja ne vesioikeuden välipäätökset ja päätökset toimitettuine äänestyksineen, joista ei laadita erikseen taltiota. Suullisen käsittelyn pöytäkirjan allekirjoittavat käsittelyyn osallistuneet puheenjohtaja ja jäsenet ja sen varmentaa sihteeri.

Pöytäkirja liitetään käsiteltävänä olevan asian asiakirjoihin.

Määrätessään vesilaissa tarkoitetun tarkastuksen toimitettavaksi vesioikeuden tulee samalla määrätä, onko ja miten tarkastuksesta ilmoitettava asianosaisille. Tarkastuksesta laadittavaan kertomukseen on merkittävä muun ohella asianosaisten esittämät lausunnot ja tarkastuksessa tehdyt havainnot. Kertomuksen laatii puheenjohtaja tai hänen määräämänsä vesioikeuden jäsen tai sihteeri ja sen allekirjoittavat kaikki tarkastuksen toimittamiseen osallistuneet.

Vesioikeuden ratkaistua lopullisesti asian laaditaan päätöksestä taltio, jonka puheenjohtaja ja jäsenet allekirjoittavat ja, mikäli asia on ratkaistu vesioikeuden sihteerin esittelystä, esittelijä varmentaa. Vesioikeudessa toimitettu äänestys ja esittelijän eriävä mielipide merkitään taltioon.

Vesioikeuden sihteeri huolehtii siitä, että asiassa laaditaan toimituskirjat, jotka vesilaissa säädetyn menettelyn jälkeen ovat asianosaisten saatavilla.

Toimituskirjaan, jonka allekirjoittaa puheenjohtaja ja varmentaa sihteeri, on merkittävä asian käsittelyyn osallistuneiden jäsenten nimet. Suoritetusta äänestyksestä on tehtävä merkintä toimituskirjaan.

Vesioikeuden sihteeri huolehtii ja vastaa siitä, että hänen valmistelemissaan tai esittelemissään asioissa laaditaan tarvittavat luettelot ja tehdään tarvittavat ilmoitukset.

Vesioikeudessa pidettävään vesikirjaan merkitään vesistöittäin vesioikeuden päätösten mukaiset toimenpiteet. Sanotut toimenpiteet merkitään myös vesioikeuden toimialueen karttaan, jota pidetään vesikirjan yhteydessä.

Vesikirjan, uittoyhdistyksistä ja säännöstely-yhtiöistä pidettävän rekisterin ja diaarin pitämisessä sekä pöytäkirjojen, päätösten ja muiden asiakirjojen laatimisessa on noudatettava vesiylioikeuden antamia ohjeita.

Asiakirjat arkistoidaan sen mukaan kuin erikseen on säädetty.

Esteen sattuessa tai loman aikana vesioikeuden päällikön tehtäviä hoitaa virkaiältään vanhin läsnä oleva jaoston puheenjohtaja. Jaostojen puheenjohtajat keskenään, vesioikeusinsinöörit keskenään ja vesioikeuslimnologit keskenään hoitavat esteen sattuessa tai loman aikana ilman eri määräystä toistensa tehtäviä, mikäli jaoston puheenjohtajan osalta ei vesiylioikeuden vesilain 15 luvun 7§:n nojalla antamasta määräyksestä muuta johdu.

Tämä työjärjestys tulee voimaan 1 päivänä kesäkuuta 1990, ja sillä kumotaan korkeimman oikeuden 9 päivänä heinäkuuta 1964 antama päätös vesioikeuksien työjärjestyksestä (541/64) sekä korkeimman hallinto-oikeuden 3 päivänä joulukuuta 1987 vesioikeudelle vahvistama väliaikainen työjärjestys.