Vesioikeus toimii jaostoihin jakautuneena. Ensimmäisen jaoston puheenjohtaja on vesioikeuden päällikkö.

Vesioikeuden päällikkö määrää jäsenet jaostoille ja jakaa käsiteltävät asiat jaostoille. Jaoston puheenjohtaja määrää tehtävistä jaostolla sen mukaan kuin työjärjestyksessä on määrätty.

Sama vesioikeusinsinööri tai vesioikeuslimnologi voidaan määrätä jäseneksi kahdelle tai useammalle jaostolle.

Vesioikeudessa on vesilaissa (264/61) mainittujen virkojen lisäksi osastosihteerin, kirjaajan, vahtimestarin, toimistovirkailijan ja konekirjoittajan virkoja. Lisäksi vesioikeudessa voi olla tilapäisiä virkamiehiä ja työsopimussuhteessa olevaa henkilökuntaa.

Jaoston puheenjohtajan tulee tarkistaa pöytäkirjat ja päätökset, sakko- ja rangaistusluettelot sekä rikosilmoitukset.

Jaoston puheenjohtajan velvollisuudesta lähettää otteita sakko- ja rangaistusluetteloista sekä muista vesioikeudessa pidettävistä luetteloista samoin kuin ilmoituksia on vastaavasti voimassa, mitä kihlakunnanoikeuden puheenjohtajan noudatettavaksi on määrätty.

Vesioikeuden sihteerin tehtävänä on lainkäyttö- ja hallintoasioiden valmistelu ja esittely sen mukaan kuin työjärjestyksessä on määrätty. Lisäksi hänen tulee huolehtia rangaistus- ja sakkoluetteloiden pitämisestä sekä rikosilmoitusten laatimisesta ja allekirjoittamisesta.

Vesioikeuden sihteeri voidaan määrätä vesioikeuden jaoston puheenjohtajan sijaiseksi jaoston puheenjohtajan vuosiloman ajaksi ja muun esteen tai vesioikeuden työtilanteen niin vaatiessa lisäksi enintään yhden kuukauden ajaksi vuodessa tiettyyn asiaan tai määräajaksi siten kuin vesilain 15 luvun 7§:ssä on säädetty.

Vesioikeuden sihteerin muista tehtävistä määrätään työjärjestyksessä.

Osastosihteerin tehtävänä on valmistella ja esitellä hallintoasiat, suorittaa lainkäyttöasioiden valmistavat toimenpiteet ja muut tehtävät sen mukaan kuin työjärjestyksessä on määrätty. Kirjaajan tehtävät määrätään työjärjestyksessä.

Muiden virkamiesten tehtävät määrää vesioikeuden päällikkö.

Kelpoisuusehtona osastosihteeriltä ja kirjaajalta vaaditaan varanotaarin tutkinto tai muu virkaan soveltuva korkeakoulututkinto.

Vesiylioikeuden on pidettävä istuntoja niin usein kuin asioiden joutuisa ja asianmukainen käsitteleminen edellyttää. Istuntoja järjestettäessä on otettava huomioon ratkaistavien asioiden valmistelemiseen, tarkastamiseen ja muuhun käsittelyyn istuntojen lisäksi tarvittava aika.

Vesiylituomari voi tarpeen vaatiessa antaa vesiylioikeuden jäsenelle tai esittelijänä toimivalle virkamiehelle luvan virka-aikana työskennellä virkahuoneen ulkopuolella.

Vesiylituomari voi jos syytä on ottaa virkavapautta yhteensä enintään 14 päivää vuodessa. Tätä pitemmäksi ajaksi virkavapautta hänelle myöntää korkein oikeus.

Virkavapautta vesiylioikeudenneuvokselle enintään kolmeksi kuukaudeksi vuodessa myöntää vesiylioikeus ja sitä pitemmäksi ajaksi korkein oikeus.

Virkavapautta vesiasiainsihteerille myöntää vesiylioikeus ja muille virkamiehille vesiylituomari. Viran hoidosta virkavapauden aikana ja viran ollessa avoimena päättää sama viranomainen, joka myöntää siitä virkavapauden.

Osastosihteerin tehtävänä on valmistella ja esitellä hallintoasiat, suorittaa lainkäyttöasioiden valmistavat toimenpiteet ja muut tehtävät sen mukaan kuin työjärjestyksessä on määrätty. Kirjaajan tehtävät määrätään työjärjestyksessä.

Vesiylioikeuden osastosihteerin ja kirjaajan kelpoisuusehdoista on vastaavasti voimassa, mitä vesioikeuden osastosihteerin ja kirjaajan kelpoisuusehdoista 12 a§:ssä on säädetty.

Vesiylioikeuden lainkäyttöpäätöksistä laaditaan taltio. Istunnossa ratkaistun muun asian toimituskirjasta laaditaan taltio, jos puheenjohtaja niin määrää.

Taltion allekirjoittavat asian ratkaisemiseen osallistuneet jäsenet ja sen varmentaa esittelijä.

Eriävät mielipiteet merkitään taltioon tai, jos taltiota ei laadita, erilliseen äänestyspöytäkirjaan, jonka esittelijä allekirjoittaa ja puheenjohtaja tarkastaa. Esittelijä allekirjoittaa eriävän mielipiteensä.

Lainkäyttöasioissa asianosaisille annettavat toimituskirjat allekirjoittaa esittelijä. Toimituskirjaan merkitään asian ratkaisemiseen osallistuneiden jäsenten nimet. Jos päätös ei ole yksimielinen, merkitään toimituskirjaan, että asiassa on äänestetty ja että eri mielipiteet ilmenevät vesiylioikeudessa säilytettävästä taltiosta. Toimituskirjaan merkitään myös ilmoitus esittelijän eriävästä mielipiteestä.

Muissa kuin lainkäyttöasioissa annettavat toimituskirjat allekirjoittaa istunnon puheenjohtaja tai asian ratkaissut virkamies ja, milloin asia on ratkaistu esittelystä, varmentaa esittelijä.

Vesiylioikeuden on laadittava kultakin vuodelta lyhyt kertomus toiminnastaan. Lisäksi vesiylioikeuden on toimitettava vuosittain tammikuussa selvitys edelliseltä vuodelta siirtyneistä, sen aikana saapuneista ja ratkaistuista sekä vuoden päättyessä ratkaisematta olleista asioista korkeimmalle oikeudelle ja korkeimmalle hallinto-oikeudelle. Sanotut selvitykset on toimitettava myös oikeusministeriölle sekä lisäksi vuosittain heinäkuussa vastaavat selvitykset edelliseltä vuosipuoliskolta.

Vesilain 1 luvun 30 §:n 1 momentissa tarkoitettu ilmoitus on tehtävä vähintään kuukautta ennen työn aloittamista asianomaiselle vesi- ja ympäristöpiirille. Ilmoitukseen on liitettävä myös selvitys työn suorittamistavasta.