Vesistöosasto käsittelee asiat, jotka koskevat vesistöjen käyttöä, hoitoa ja kunnossapitoa, vesien aiheuttamien haittojen ja vahinkojen torjuntaa, rakentamista, öljyvahinkojen torjuntaa, vesistöjen käyttötoimintaa sekä patoturvallisuutta. Osaston tulee valvoa yleistä etua toimialaansa kuuluvissa vesiasioissa.

Vesien- ja ympäristönsuojeluosasto käsittelee asiat, jotka koskevat vesien ja muun ympäristön suojelua, vesihuoltoa, vesien virkistyskäyttöä, vesilain (264/61) ja sen nojalla annettujen määräysten ja päätösten noudattamisen valvontaa, katselmus- ja ojitustoimituksia ja lopputarkastuksia sekä jätehuoltoa. Osaston tulee valvoa yleistä etua toimialaansa kuuluvissa vesiasioissa.

Vesien- ja ympäristöntutkimuslaitos käsittelee asiat, jotka koskevat hydrologiaan, vesien tilaan ja laatuun, vesien ja muun ympäristön tilan seurantaan, vesiensuojeluun, vesihuoltoon, jätehuoltoon ja muuhun ympäristönsuojeluun, vesirakenteisiin sekä vesirakentamisen vaikutuksiin liittyvää tutkimusta.

Yleinen osasto käsittelee asiat, jotka koskevat yleistä hallintoa ja taloutta, oikeudenkäyntiä, virka-apua, ulosottoa ja muuta täytäntöönpanoa, virkarikoksia ja kurinpitoa, kiinteistön hankintaa, hoitoa ja luovutusta sekä tietopalvelua, samoin kuin muut asiat, joita ei ole määrätty vesien- ja ympäristöntutkimuslaitokselle, muulle osastolle, suunnittelusihteeristölle tai erilliselle uittotoimistolle.

Suunnittelusihteeristö avustaa vesi- ja ympäristöhallituksen pääjohtajaa ja ylijohtajia lähinnä toiminnan ja talouden suunnittelua ja kehittämistä, vesien käytön, hoidon ja suojelun yhteensovittamista sekä toiminnan tarkastusta ja tiedottamista koskevissa asioissa ja suorittaa muut sille määrätyt tehtävät.

Erillinen uittotoimisto käsittelee asiat, jotka koskevat uittoa. Toimiston tulee valvoa yleistä etua toimialaansa kuuluvissa vesiasioissa.

Vesi- ja ympäristöhallituksen päällikkönä on pääjohtaja.

Vesi- ja ympäristöhallituksessa on kaksi ylijohtajaa, joista toinen vastaa vesistöosaston, vesien- ja ympäristönsuojeluosaston sekä erillisen uittotoimiston ja toinen yleisen osaston käsiteltäviin kuuluvien asioiden hoidosta. Suunnittelusihteeristön tehtävien hoidosta vastaavat ylijohtajat kumpikin omaan toimialaansa liittyvien tehtävien osalta.

Vesien- ja ympäristöntutkimuslaitosta johtaa tutkimuslaitoksen johtaja, osastoa osastopäällikö, toimistoa toimistopäällikkö ja tutkimuslaboratoriota laboratoriopäällikkö sekä suunnittelusihteeristöä virkamies, jonka pääjohtaja on siihen tehtävään määrännyt. Tutkimuslaitoksen johtajalla on professorin arvonimi.

Pääjohtaja johtaa ja valvoo vesi- ja ympäristöhallituksen toimintaa. Hänen tulee tehdä aloitteita tarpeellisiksi uudistuksiksi ja parannuksiksi sekä ylläpitää ja kehittää vesi- ja ympäristöhallinnon ja muun hallinnon samoin kuin vesi- ja ympäristöhallinnon ja elinkeinoelämän sekä järjestöjen ja muiden yhteisöjen välistä yhteyttä sekä kansainvälisiä yhteyksiä.

Ylijohtaja osallistuu pääjohtajan apuna vesi- ja ympäristöhallituksen yleiseen johtamiseen ja kehittämiseen. Lisäksi hänen tulee johtaa ja valvoa asioiden käsittelyä vastuualueellaan sekä ylläpitää vesi- ja ympäristöhallinnon ja muun hallinnon samoin kuin vesi- ja ympäristöhallinnon ja elinkeinoelämän sekä järjestöjen ja muiden yhteisöjen välistä yhteyttä.

Toimistopäällikön, laboratoriopäällikön ja suunnittelusihteeristön päällikön tehtävistä oman yksikkönsä osalta on vastaavasti voimassa mitä 12§:ssä on säädetty osastopäällikön tehtävistä.

Vesi- ja ympäristöhallituksen istuntoon ottavat osaa pääjohtaja puheenjohtajana sekä muina jäseninä ylijohtajat, tutkimuslaitoksen johtaja ja osastopäälliköt.

Vesi- ja ympäristöhallitus on istunnossaan päätösvaltainen, kun puheenjohtaja ja vähintään kolme jäsentä on saapuvilla, näiden joukossa se jäsen, jonka alaisen yksikön tehtäviin käsiteltävä asia kuuluu.

Vesi- ja ympäristöhallituksen istunnossa asian esittelee ylijohtaja, tutkimuslaitoksen johtaja tai osastopäällikkö taikka se virkamies, jolle asia on annettu valmisteltavaksi ja esiteltäväksi.

Jos vesi- ja ympäristöhallituksen istunnossa ilmenee erimielisyyttä asian ratkaisemisesta, päätetään asia äänestämällä noudattaen samaa menettelyä kuin monijäsenisessä tuomioistuimessa.

Pääjohtaja ratkaisee ne asiat, joita ei käsitellä vesi- ja ympäristöhallituksen istunnossa. Työjärjestyksessä voidaan pääjohtajalle kuuluva asia määrätä ylijohtajan, tutkimuslaitoksen johtajan, osastopäällikön, toimistopäällikön tai muun virkamiehen ratkaistavaksi.

Kukin esimies voi, jos katsoo asian laadun sitä vaativan, ottaa yksittäistapauksessa ratkaistavakseen sellaisen asian, joka on määrätty hänen alaisensa ratkaistavaksi.

Jos syntyy epätietoisuutta siitä, kenen ratkaistavaksi asia kuuluu, tai jos virkamies katsoo, että jollakin hänen päätösvaltaansa kuuluvalla asialla on periaatteellinen tai laajakantoinen merkitys, on kysymys asian ratkaisemisesta esiteltävä pääjohtajalle.

Pääjohtajan ollessa estynyt toimivat hänen sijaisinaan, jollei ympäristöministeriö maa- ja metsätalousminiteriötä kuultuaan toisin määrää, ylijohtajat virkaikäjärjestyksessä, heidän jälkeensä tutkimuslaitoksen johtaja ja hänen jälkeensä osastopäälliköt virkaikäjärjestyksessä.

Ylijohtajat toimivat toistensa sijaisina ja heidän jälkeensä estyneenä olevan ylijohtajan alaiset osastopäälliköt virkaikäjärjestyksessä sekä näiden jälkeen pääjohtajan määräämä muu virkamies.

Tutkimuslaitoksen johtajan ja osastopäällikön sijaisena toimivat heidän alaisensa yksikön toimistopäälliköt virkaikäjärjestyksessä ja näiden jälkeen pääjohtajan määräämä muu virkamies.

Suunnittelusihteeristön päällikön sijaiset määrää pääjohtaja sekä toimistopäälliköiden ja laboratoriopäällikön sijaiset asianomainen ylijohtaja tai tutkimuslaitoksen johtaja.

Tarkemmat määräykset asioiden käsittelemisestä sekä asian ratkaisemisesta ja esittelemisestä annetaan vesi- ja ympäristöhallituksen työjärjestyksessä, jonka vahvistaa ympäristöministeriö vesi- ja ympäristöhallituksen esityksestä ja maa- ja metsätalousministeriön annettua siitä lausuntonsa.

Vesi- ja ympäristöpiirit ovat vesi- ja ympäristöhallituksen alaisia.

Vesi- ja ympäristöpiirien hallintopaikat määrää valtioneuvosto.

Vesi- ja ympäristöpiiri huolehtii vesi- ja ympäristöhallinnon tehtävistä alueellaan.

Vesi- ja ympäristöhallitus voi määrätä vesi- ja ympäristöpiirin suorittamaan tehtäviä myös toisen piirin alueella. Vesi- ja ympäristöpiirin palveluksessa olevan henkilön toimialue voi ulottua toisen vesi- ja ympäristöpiirin alueelle.

Vesi- ja ympäristöpiirin tehtävät jaetaan toimialoihin sen mukaan kuin vesi- ja ympäristöpiirin työjärjestyksessä tarkemmin määrätään.

Vesi- ja ympäristöpiirin päällikkönä on vesi- ja ympäristöpiirin johtaja.

Toimialan päällikkönä toimii virkamies, jonka vesi- ja ympäristöhallitus määrää vesi- ja ympäristöpiirin johtajan esityksestä tai häntä kuultuaan.

Vesi- ja ympäristöpiirissä on johtoryhmä, josta määrätään tarkemmin työjärjestyksessä.

Vesi- ja ympäristöpiirin johtajan tulee huolehtia piirissään vastaavasti niistä tehtävistä, jotka 12§:ssä on säädetty vesi- ja ympäristöhallituksen osastopäällikölle.

Vesi- ja ympäristöpiirille kuuluvat asiat ratkaisee vesi- ja ympäristöpiirin johtaja. Vesi- ja ympäristöpiirin johtajalle kuuluvaa ratkaisuvaltaa voidaan työjärjestyksessä määrätä muulle piirin virkamiehelle.

Vesi- ja ympäristöpiirin johtaja ja muu virkamies, jolle päätösvaltaa on uskottu, ratkaisee asiat esittelystä. Työjärjestyksessä voidaan määrätä, että siinä nimetyt asiat ratkaistaan ilman esittelyä.

Vesi- ja ympäristöpiirin johtajan ollessa estynyt toimii hänen sijaisenaan vesi- ja ympäristöhallituksen määräämä piirin virkamies.

Tarkemmat määräykset asioiden käsittelystä sekä asian ratkaisemisesta ja esittelemisestä vesi- ja ympäristöpiirissä annetaan vesi- ja ympäristöpiirin työjärjestyksessä, jonka vahvistaa vesi- ja ympäristöhallitus vesi- ja ympäristöpiirin johtajaa kuultuaan.

Kelpoisuusehtona vesi- ja ympäristöhallituksen virkoihin ja toimiin vaaditaan:

1)pääjohtajalta virkaan soveltuva ylempi korkeakoulututkinto ja hyvä perehtyneisyys vesi- ja ympäristöhallintoon;

Pääjohtajan nimittää tasavallan presidentti valtioneuvoston esityksestä.

Ylijohtajan, tutkimuslaitoksen johtajan ja osastopäällikön nimittää tasavallan presidentti valtioneuvoston esityksestä.

Virat täytetään haettavaksi julistamatta ja virkaehdotusta tekemättä. Edellä 2 momentissa tarkoitetut virat täytetään sen jälkeen kun vesi- ja ympäristöhallitus ja maa- ja metsätalousministeriö ovat antaneet asiasta lausuntonsa.

Sopimuspalkkaisen toimistopäällikön nimittää valtioneuvosto sen jälkeen kun vesi- ja ympäristöhallitus ja maa- ja metsätalousministeriö ovat antaneet asiasta lausuntonsa.

Muun kuin 1 momentissa tarkoitetun toimistopäällikön sekä laboratoriopäällikön nimittää ympäristöministeriö viran oltua 30 päivän ajan haettavana ja vesi- ja ympäristöhallituksen sekä maa- ja metsätalousministeriön annettua asiasta lausuntonsa.

Laskentapäällikön nimittää ympäristöministeriö sen jälkeen kun vesi- ja ympäristöhallitus ja maa- ja metsätalousministeriö ovat antaneet asiasta lausuntonsa.

Teknillisen tarkastajan, toimistoinsinöörin, asianvalvojan, hydrologin, ylitarkastajan, lakimiehen, insinöörin ja kamreerin nimittää vesi- ja ympäristöhallitus viran oltua 30 päivän ajan haettavana.

Tarkastajan, toimistorakennusmestarin, kirjaajan, toimistosihteerin, ylivirastomestarin, piirtäjän, kirjanpitäjän ja toimistovirkailijan nimittää sekä tilapäisen toimihenkilön ja työsopimussuhteisen henkilön ottaa pääjohtaja, jollei työjärjestyksessä ole toisin määrätty.

Vesi- ja ympäristöpiirin johtajan nimittää valtioneuvosto viran oltua 30 päivän ajan haettavana ja vesi- ja ympäristöhallituksen sekä maa- ja metsätalousministeriön annettua asiasta lausuntonsa.

Vanhemman insinöörin, hallintopäällikön ja insinöörin nimittää vesi- ja ympäristöhallitus viran oltua 30 päivän ajan haettavana.

Piirirakennusmestarin, vanhemman rakennusmestarin, rakennusmestarin, apulaiskamreerin, piirtäjän ja toimistovirkailijan nimittää vesi- ja ympäristöpiirin johtaja.

Jollei työjärjestyksessä ole toisin määrätty, tilapäisen toimihenkilön ja työsopimussuhteisen henkilön ottaa vesi- ja ympäristöpiirin johtaja.

Vesi- ja ympäristöhallinnon ylimääräisen toimenhaltijan ottaa sama viranomainen, joka nimittää vastaavan viran tai toimen haltijan. Tasavallan presidentin tai valtioneuvoston nimittämää viranhaltijaa vastaavan ylimääräisen toimenhaltijan ottaa kuitenkin ympäristöministeriö maa- ja metsätalousministeriön annettua asiasta lausuntonsa. Jollei vastaavaa virkaa tai tointa ole, ottaa ylimääräisen toimenhaltijan, milloin toimenhaltijalta vaadittavana kelpoisuusehtona on ylempi korkeakoulututkinto, vesi- ja ympäristöhallitus, ja muussa tapauksessa pääjohtaja, jollei työjärjestyksessä ole toisin määrätty.

Pääjohtajalle myöntää virkavapauden ympäristöministeriö sekä ylijohtajalle, tutkimuslaitoksen johtajalle ja osastopäällikölle pääjohtaja. Yli kolme kuukautta kestävän virkavapauden myöntää kuitenkin pääjohtajalle valtioneuvosto sekä ylijohtajalle, tutkimuslaitoksen johtajalle ja osastopäällikölle ympäristöministeriö. Vesi- ja ympäristöpiirin johtajalle myöntää virkavapauden pääjohtaja.

Vesi- ja ympäristöpiirin johtaja myöntää virkavapauden nimittämilleen ja ottamilleen virkamiehille sekä sairauden tai raskauden ja synnytyksen perusteella myös vesi- ja ympäristöhallituksen tai pääjohtajan nimittämille ja ottamille vesi- ja ympäristöpiirin virkamiehille.

Muissa kuin 1 ja 2 momentissa mainituissa tapauksissa virkavapauden vesi- ja ympäristöhallinnon virkamiehille myöntää pääjohtaja, jollei työjärjestyksessä ole toisin määrätty.

Viran tai toimen hoidosta virkavapauden aikana päättää sekä avoinna olevan viran tai toimen virkaatoimittavan hoitajan määrää se, joka 37§:n mukaan myöntää virasta tai toimesta virkavapauden muutoin kuin sairauden tai raskauden ja synnytyksen perusteella.

Eron virasta tai toimesta myöntää sekä työsopimuksen purkaa tai irtisanoo se, joka täyttää viran tai toimen tai ottaa työsopimussuhteeseen.

Vesi- ja ympäristöhallituksen pääjohtajaa, ylijohtajaa, tutkimuslaitoksen johtajaa ja osastopäällikköä syytetään virkavirheestä Helsingin hovioikeudessa ja muita vesi- ja ympäristöhallituksen sekä vesi- ja ympäristöpiirin virkamiehiä asianomaisessa alioikeudessa.

Jos vesi- ja ympäristöhallituksen tai vesi- ja ympäristöpiirin virkamies tarpeettomasti viivyttää hänelle uskotun toimituksen tai asian käsittelyä tai laiminlyö määräajassa suorittaa hänelle uskotun virkatehtävän tai antaa häneltä vaaditun selityksen, lausunnon, toimituskirjan tai virkaa koskevan tiedonannon, voi vesi- ja ympäristöhallitus määrätä hänet sakon uhalla täyttämään velvollisuutensa.

Jos vesi- ja ympäristöhallituksen tai vesi- ja ympäristöpiirin virkamies, lukuunottamatta pääjohtajaa, ylijohtajaa, tutkimuslaitoksen johtajaa ja osastopäällikköä, on syyllistynyt virkavirheeseen tai virkavelvollisuuksiensa laiminlyömiseen, joka ei ole sen laatuista, että häntä on siitä tuomioistuimessa syytettävä, taikka on käyttäytynyt sopimattomasti virassa tai sen ulkopuolella, voi vesi- ja ympäristöhallitus rangaista häntä siitä kurinpitotoimin varoituksella tai virantoimituksesta erottamisella enintään kuuden kuukauden ajaksi.

Viraltapanosta kurinpitotoimin sekä viran tai toimen haltijan pidättämisestä virantoimituksesta on säädetty erikseen.

Syyttäjänä 3 momentissa tarkoitetuissa tapauksissa toimii asianvalvoja tai pääjohtajan määräämä muu oikeustieteen kandidaatin tutkinnon suorittanut virkamies.

Jollei erikseen ole toisin säädetty, haetaan muutosta vesi- ja ympäristöhallituksen päätökseen korkeimmalta hallinto-oikeudelta sekä vesi- ja ympäristöpiirin päätökseen vesi- ja ympäristöhallitukselta siten kuin muutoksenhausta hallintoasioissa annetussa laissa (154/50) on säädetty.

Vesi- ja ympäristöhallituksen tai vesi- ja ympäristöpiirin päätökseen, joka koskee virkamiehen nimittämistä, määräämistä tai ottamista, irtisanomista tai vapauttamista taikka määräyksen peruuttamista, ei saa hakea muutosta valittamalla. Valittaa ei saa myöskään päätöksestä, jolla virkamiehelle on annettu kurinpitotoimin varoitus.

Vesi- ja ympäristöhallitus kantaa ja vastaa valtion puolesta sekä valvoo tuomioistuimissa, virastoissa ja toimituksissa valtion etua ja oikeutta vesi- ja ympäristöhallituksen sekä vesi- ja ympäristöpiirin toimialaan kuuluvissa asioissa, jollei sitä ole muualla säädetty tai työjärjestyksessä määrätty vesi- ja ympäristöpiirin tehtäväksi.

Asianvalvojalla ja apulaisasianvalvojalla on oikeus valtuutuksetta tuomioistuimissa, virastoissa ja toimituksissa valvoa valtion etua ja oikeutta sekä edustaa niissä vesi- ja ympäristöhallitusta.

Haasteen voi vastaanottaa oikeustoimiston päällikkö, asianvalvoja tai apulaisasianvalvoja.

Vesi- ja ympäristöhallituksen sekä vesi- ja ympäristöpiirien henkilöstön osallistumisesta itseään koskevan päätöksenteon valmisteluun vesi- ja ympäristöhallinnon sisäiseen toimintaan liittyvissä asioissa lausuntoja antamalla ja esityksiä tekemällä määrätään vesi- ja ympäristöhallituksen vahvistamassa virastodemokratiaohjesäännössä.